对Hisat2较为清楚的介绍：hisat2_hisat2 linux安装 - CSDN
截取自链接
学习时遇到的问题：
*1.查看hisat2使用教程时，第一步大多为建立基因组索引，没看懂。询问师兄，了解到自己拿到的基因组参考数据已经有索引文件。如果获取的参考基因组数据没有索引文件时，则需要建立。
*2执行对比命令时出错，找不到索引文件。说明问题*1中的.fai文件，不是索引文件。需要建立索引文件。下面是截取的建立索引所需命令，可与上面的建立索引介绍联系阅读。
*3自己执行的索引文件建立命令、耗费时间、最后生成的索引文件
*4.使用StringTie时发现，在StringTie中hisat2输出的对比文件必须包含XS标签，即使用hisat2命令对比序列时需要添加--dta参数。
