一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
这段时间用blastn比较多，所以遇到这个问题时，首先想到的也是blast系列。但对于极短序列的搜索，在命令行下的参数设置有些麻烦。简单总结一下：
这三个选项是比较重要的（仅针对我标题指出的情况）
-task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short
-word_size：尽可能小，这里设为7
-evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越可靠
evalue这个值跟平时一般序列比对时设置的完全不一样，以往我设置的是1e-5，这回我设的100和1。
当设置为blastn-short时，就默认了word_size为7，所以此时可以不加word_size。那设置了word_size为7后，可以不加task吗？可以的，但是得到的结果有些区别：它得到的纪录数更多，但也有更多记录出现了错配（我的测试中37%出现了错配），而加了task之后，错配数只占7%，这也进一步说明了blastn-short模式会限制错配数出现，对于短序列比对是可以理解的。
我分别做了三次尝试：
可以看到在一定范围内（100-1），降低evalue会缩小结果范围，留下最可靠的记录。改用blastn-short比对模式，基本不允许错配，会更适合短序列比对。
最后我按照相似度100%，比对长度为查询序列原长提取三个结果文件中最准确的记录，发现居然是一模一样的（哪条短序列比对到ref的哪一个位置完全相同）！！！
仔细一想，这也好理解，完美匹配的那一些记录在不同的e值，不一样严格程度的比对下，始终是完美匹配的。
reference
http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan4/how-to-use-blast/
