转录因子主要有3种作用方式调控基因表达：
TF既可以结合在DNA临近的增强子也可以结合在启动子玉玉。和TF有关的基因转录既可以上调也可以下调，TF通过以下几个方面调控基因表达，包括：
1 稳固或block RNA pol结合到DNA
2 催化组蛋白的乙酰化或去乙酰化，TF既可以独自发挥这个作用，也可以招募其它蛋白，很多TF有两个相反机制调控转录
(A) 组蛋白乙酰化（HAT）:组蛋白乙酰化转移酶，乙酰化的组蛋白，减弱DNA和组蛋白结合，DNA易于转录，上调
(B)组蛋白去乙酰化（HDAC）：组蛋白去乙酰化后，DNA更紧，DNA不易转录，下调。3 招募co-activator或co-inhibitor到TF-DNA复合体
基础转录条件和差异调节
Basal转录调节
真核生物中，一类重要的TF是general transcription factors（GTFs），是转录所必需，大多数GTFs不直接结合DNA，而是和RNA pol相互作用的大的转录预起始复合体的一部分。最常见的GTFs有TFIIA,TFIIB,D,E,F，H。这些预复合体结合在他们调节的gene的DNA上游区域。
Differential enhancement of transcription
其余的TFs差异调节gene表达，结合部位是其条款gene的DNA附近的增强子区域。这些TFs非常重要，因为他们对gene在合适的时间，细胞，数量等的表达很重要，这依赖于物种的需要。
