崇祯十三年三月，清兵开始进驻义州。
义州位于大凌河畔，周围土地肥沃，比广宁距离锦州更近。清军在旧城的基础上加以修造，驻兵屯田，谋划以这里为基地，进一步攻取锦州、松山等地。
清军陆续向义州运送粮草，铸造六十门红夷大炮，招募千余名擅长登梯的士兵，又买了一万匹哈喇慎马。这期间，双方在锦州一带多次交战，但总体的作战规模并不大。
率领明军驻守锦州的依然是祖大寿，皇太极命令各位亲王轮番带兵围困锦州，朝鲜也派兵参与围困锦州。清军的策略非常明确，就是采用当年大凌河一样的战法，环城立营，深沟高垒，阻断锦州与外界的一切联系，围而不攻，要把城里的明军活活困死。
清军围住锦州的祖大寿，真正的目的是歼灭来援的明军主力，围点打援，要明军离开坚城高墙，让明军走出来、动起来，以便发挥八旗军机动作战的优势。这种战术当年在大凌河取得成功。
最初，清军的包围很松懈，比如多尔衮和豪格等人，通常驻扎在锦州城外三十多里的地方，部下的一些将士还有不少人趁机回家，围城的效果并不好。
对此皇太极非常不满，崇祯十四年三月，他对围城不力的多尔衮、豪格等人降爵罚银。改派济尔哈朗、阿济格等人围困锦州，树栅挖壕，安设大炮，彻底阻断锦州与外界的联系。
城中的明军感觉到了切实的压力。祖大寿的军中有不少蒙古人，带兵的是蒙古的贝勒诺木齐和台吉吴巴什。锦州城的形势越来越严峻，他们就谋划要与清军合作，准备充当内应，夺取锦州。
祖大寿及时发现他们的图谋，先下手为强，要捉拿诺木齐和台吉吴巴什等人。蒙古士兵哗变，与明军在城中厮杀起来。清军的阿济格等人趁夜登上锦州城，助力叛军，一举夺下锦州外城。祖大寿率军退守内城，诺木齐等人带领六千蒙古兵投降。
外城陷落之后，锦州告急。
早在正月间，洪承畴率领吴三桂、王廷臣、曹变蛟、白广恩四位总兵出山海关，进驻宁远。洪承畴亲赴松山察看形势，认为明军兵力不足，于是征调宣府总兵官杨国柱、大同总兵官王朴、密云总兵官唐通和榆林总兵官马科等人率军增援。
清军的很大一部分粮草由朝鲜水师运送，洪承畴派水师击败朝鲜水师。洪承畴性情稳重，制订策略时考虑周全，比如他定下一条规矩，出兵征战，必须“师行粮从”，就是粮草一定要随军同行，而且数量足够支撑一年。考虑到当时的运输条件，这样的要求是十分苛刻的。
锦州城中，祖大寿率军经常出击巷战，夺回被占领的东关。城中有人寻机逃出，说城里的粮草还能支撑半年，并且捎来祖大寿的作战建议：“宜车营逼之，毋轻战。”
祖大寿与八旗军交手二十余年，熟悉他们的战术，知道怎么样对抗最为有力，就是结成稳固的战阵，步步为营，慢慢向前推进，不可草率出战。这个想法与洪承畴的意见相似，所以洪承畴集合了各方大军，但迟迟不敢向前决战。
