行政壁垒最常见的是空间层面的行政区划壁垒，即通常所说的地方保护主义，在区域竞争中地方政府为保护本区域利益而设立对商品、资金、劳动力、技术等要素跨区域流动的限制，以行政区划为界限人为分割统一市场。随着区域一体化的合作，这种壁垒通常以隐性的方式存在，如异地资质不兼容、招标中的不明示条款。从广义上看，行政壁垒还包括行政管理性壁垒和区域协同壁垒。前者是政府对微观事务管理的过度干预，如繁琐冗余的审批手续、竞争性领域的市场准入规则；后者是由于不同区域发展存在差异性和不均衡性，与之相应的政策制度在时间和空间上产生错位。如今，江浙沪人均ＧＤＰ水平已超过世界银行划定的高收入经济体标准（12700美元），而安徽则相当于中等偏上收入经济体。不同的发展阶段导致地方政府的职能重点不同，高收入经济地区的政府更加兼顾社会保障、公共服务等方面，经济较不发达地区的政府更侧重经济发展方面的功能，这就易导致同类政策制度的供给水平存在较大差异，进而产生协同性壁垒。各种形式的行政壁垒，影响了区域协同效应的发挥，导致了行政区经济的恶性竞争、跨界基础设施或政策衔接不畅、市场主体的成本增加，影响了整个区域的竞争秩序，削弱了整体竞争力。
一般来说，一体化发展的区域协同涉及两个层面。一是，视为一种状态，强调协同过程中不同区域之间形成共同目标，从本质上看，行政壁垒的根源在于行政区目标与区域共同目标的不一致，政府功能限制了市场的资源配置功能的有效发挥。二是，视为一种结果，强调各区域通过相互合作联系、提升区域整体功能，实现“1+1＞2”的效应，让一体化产生的整体效应大于各区域效应之和。在长三角一体化发展中，各地方政府应加强战略谋划，厘清职能空间，正向发挥政府和市场的叠加功能，双向发力，形成常态化、系统化的区域协同。
