IQ-tree也是一款最大似然法构建进化树的软件，目前IQ-tree已经更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建树（efficient tree reconstruction），模型选择（modelfinder: fast and accurate model selection），超快bootstrap（ultrafast bootstrap approximation），大型数据（big data analysis），以上特点特别适用于高通量测序的大量SNP构建进化树。
模型选择
构建进化树有很多模型对于初学者往往不知道那种模型最适合，iqtree提供自动模型选择功能，使用的软件为modelfinder。Modelfinder是一款速度超快的自动最佳模型选择软件。其在保证准确性的情况下，速度上比jmodeltest（针对DNA）和prottest（针对蛋白）要快100倍（ModelFinder is up to 100 times faster than jModelTest/ProtTest.），使用命令举例：
#自动选择最佳模型并构建进化树：-m MFPiqtree-ssupergene.phy-mMFP
#只是想找最佳模型不构建进化树：iqtree-sexample.phy-mMF
软件官网：http://www.iqtree.org
下载软件
wget -c https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-Linux-intel.tar.gz
tar zxf iqtree-2.3.6-Linux-intel.tar.gz
#解压
cd ./iqtree-2.3.6-Linux-intel/bin/
chmod a+x *
#转到下载文件夹并赋予可执行操作
export "PATH=/home/monkeyflower/biosoft/iqtree-2.2.0-Linux/bin/:$PATH"
#添加环境变量
cd /home/monkeyflower/bioworkplace
#转到工作文件夹
iqtree2 -s test.fas -m MFP -T 16 -B 1000
#test.fas就是需要建树的比对后的序列矩阵，MFP表示查找模型并建树，-T表示线程，该数值可以进行调整，-B 表示自展值，运行完后就会在序列目录下有结果，treefile文件就是树文件，log里的Best-fit model就是最适模型
不确定就用
iqtree -s supergene.phy -m MFP
但是:，iqtree做群体遗传进化构建进化树推荐命令：
iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -T 2 -mem 8G \
-m GTR -redo \
-B 1000 -bnni \
--prefix iqtree
-s supergene.phy: 指定输入文件名，即包含对齐序列的文件 supergene.phy。
-st DNA: 指定序列类型为 DNA。
-T 2: 指定使用两个线程（CPU核心）来加速计算过程。
-mem 8G: 分配 8GB 的内存给程序使用。
-m GTR: 指定使用通用时间可逆模型（General Time Reversible model），这是一种灵活的概率替代模型，允许不同的核苷酸具有不同的替换率。
-redo: 强制重新分析，即使输出文件已经存在也会重新计算。
-B 1000: 进行 1000 次 bootstrap 分析来评估分支的支持度。
-bnni: 启用分支支持的近似最大似然改进。
--prefix iqtree: 设置输出文件的前缀为 iqtree，这样输出的文件如树文件等将以这个名字为基础命名。
当你运行这个命令时，iqtree2 将会读取 supergene.phy 文件中的 DNA 数据，然后构建一棵最大似然树（Maximum Likelihood tree），并利用 bootstrap 方法评估树的分支可靠性。输出文件将包含树的信息和其他统计数据，这些文件将以 iqtree 开头。
也可以：
经过 ModelFinder 检索（-m MF），本数据集的最佳替换模型为 GTR+F+R6+ASC，所以这里直接指定 -m GTR+F+R6+ASC 模型。
iqtree -s SNP.varsites.phy -m GTR+F+G4+ASC -fast -nt 50
将输出文件 SNP.varsites.phy.treefile 放入 iTOL 中即可观察所构建出的系统发育树结构。
2.vcf格式转化：
下载vcf2phylip.py数据转换脚本
wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/v2.0.zip
unzip v2.0.zip
cd vcf2phylip-2.0/
转换数据，坑！样本名⼀定要少于10个字符
python /home/yangling/biosoft/vcf2phylip-master/vcf2phylip.py -i *.vcf -o name
备注：
-s：序列比对文件（支持多个文件逗号隔开，或者包含比对文件的文件夹），可选PHYLIP、FASTA、NEXUS、CLUSTAL、MSF
--seqtype：序列类型，可选BIN、DNA、AA、NT2AA、CODON、MORPH默认为自动检测
-o：外类群列表，不同物种之间逗号隔开
--prefix：结果文件名前缀
--seed：随机数种子，主要出于调试目的
--mem：最大可使用内存，单位为G、M或百分数%
--redo：忽略检查重写输出文件，默认为off，也即从上次意外中断处开始
-T：程序运行使用的核数，可设置具体数字或者AUTO（推荐），默认为1
--threads-max：最大可使用的核数，默认为所有核
--fast：快速模式，类似FastTree
-b：非参数bootstrap次数，大于等于100
-B：超快速bootstrap次数，大于等于1000
--bnni：使用NNI优化超快速bootstrap的树，搭配-B使用
--alrt：SH近似似然比检验重复次数
-m：模型选择，设置MF自动选择最佳模型但不建树；设置MFP自动检测最佳模型并建树。此外还可以设置具体的模型，或者多个可选模型，例如-m LG,WAG
--ancestral：基于经验贝叶斯的祖先状态重建
接下来看这个工具如何使用。首先从最简单的建树开始：
iqtree -s example.phy -T AUTO
假如设置自动选择最佳模型并建树：
iqtree -s example.phy -m MFP -T AUTO
选择最佳模型并只输出模型选择结果：
iqtree -s example.phy -m MF -T AUTO
Iqtree会测试多达546个蛋白模型并给出最佳模型，：
使用bootstrap自助法计算节点支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP -b 100 -T AUTO
使用SH近似似然比检验计算节点支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP --alrt 100 -T AUTO
同时使用两种方法计算节点支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP --alrt 100 -b 100 -T AUTO
使用超快速bootstrap自助法计算节点支持率：
iqtree -s example.phy -m MFP -B 1000 --bnni -T AUTO
使用上述设置构建500个基因组的120个串联蛋白树需要两天左右。超快自助法ultrafast bootstrap1000次比普通自助法100次要快10倍左右，是该软件的特有算法，所以一般使用Iqtree的超快自助法建树。
原文链接 https://zhuanlan.zhihu.com/p/408382758
参考资料
//www.greatytc.com/p/a34c377924a7
https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/120531889
//www.greatytc.com/p/47492d75b5e9
