生物信息学中常用的linux命令(三)

  1. ps

语 法:ps x [-u <usrname>]
参 数:
-u <usrname> 显示usr用户的进程(默认显示自身用户进程)
  1. top

语 法:top [-bcdu]
参 数:
-b 批处理模式,可以将top内容重定向到文件中
-c 显示详细信息
-d <n> 刷新时间间隔,n秒刷新一次
-u <usrname> 只显示usr用户的进程
  1. jobs

功能说明:显示后台任务
语 法:jobs [-l]
参 数:
-l 显示任务进程ID
  1. kill

参 数:
-num 通过num传递一个信号控制进程(默认15,终止进程),常用值如下
-9 强制删除进程
-19 暂停一个进程(使之处于T状态)
-18 继续暂停的进程
-l 显示信号列表

kill 9999 #终止进程号为9999的进程
kill -9 9999 #强制删除进程号为9999的进程
kill -19 9999 #暂停进程号为9999的进程
kill -18 9999 #继续进程号为9999的进程
  1. history 查询该节点上执行过的历史命令

  2. nohup 加到命令前使得该命令在用户退出登录后也能继续执行,一般与转后台’&’一起使用。

nohup sh test.sh &
  1. & 加到命令结尾,使该命令在后台运行

sh test.sh &
  1. 管道符 |

功能说明:将”|”前一部分的输出作为”|”后一部分的输入
语 法:command1 | command2

#显示file1的内容,将带有world的行输出,打印该行的第一列
less file1| grep world | awk ‘{print $1}’ 

前面介绍了生物信息分析过程中的一些常用linux命令,可以在WIN10下的linux子系统中进行操作练习,下一篇文章将会找一个RNA-seq的数据进行实战。

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