参考使用wgd进行全基因组复制分析 - 知乎 (zhihu.com)
大神写过的我不赘述了。记录下23年5月我在安装时遇到的报错
1.一连串安装conda软件的命令我拆分了。
conda create -n wgd
conda activate wgd
conda install -c bioconda prank
conda install -c conda-forge mpich
conda install -c conda-forge libpng
conda install -c conda-forge cmake
conda install -c bioconda fasttree
conda install -c bioconda paml
conda install -c bioconda mcl
conda install -c bioconda blast
conda install -c bioconda blast
conda install -c conda-forge python
pip install cython
pip install pandas
pip install numpy
pip install scikit-learn
2.我并不是安装完激活环境就能使用wgd命令的。
所以去下载的wgd文件夹里看，里面有个setup.py
然后运行一阵说缺模块，所以就安装了上面那四个。
安装了一会儿报错，说一个模块sklearn改名字了，它现在找不到。
打开setup.py，然后找到sklearn，改成scikit-learn。只需要改一处。
然后说joblib版本太低。它原本安装脚本里要安的是0.11版本，因为注释说0.12版本会有问题，但是现在要求要至少1.1.1以上。我直接把数字删了，然后出来把原来安的也删掉：pip uninstall joblib。
然后再安装就没啥报错了。which wgd就能找到wgd命令。
wgd mcl命令可以运行
wgd ksd命令报错 说numpy模块有问题。我明天再看吧太累
OK 我来了。
他说找不到“ from numpy import double, empty, array, ndarray, var, cov, dot, bool,
ImportError: cannot import name 'bool' from 'numpy' (/jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/envs/wgd/lib/python3.10/site-packages/numpy/init.py)”
然后我问chatgpt，他说numpy1.14版本就删掉这个bool了，所以我重新安了1.13版本的numpy。（真假存疑，众所周知chatgpt会瞎掰）然后回头运行wgd ksd说软件有问题。OK可以理解，那我重新安装wgd就得了呗。好家伙给你们看看这结果。气不气人：
Processing pyparsing-3.1.0b2-py3-none-any.whl
Installing pyparsing-3.1.0b2-py3-none-any.whl to /jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/0
Adding pyparsing 3.1.0b2 to easy-install.pth file
Installed /jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/envs/wgd/lib/pytho
error: numpy 1.19.5 is installed but numpy>=1.20 is required by {'matplotlib'}
他说。wgd安装的numpy版本要>=1.20。我￥%￥&%&%&*!@&^.
这怎么玩
结论：教程是好教程，软件他不行。下课。
wgd软件网站Issues · arzwa/wgd · GitHub
这个issue里面就有我经历的这种报错。两年没人管了 。
可能有机会修好，但是我的耐心不允许。
