IRanges
v 1.0，2019.06.04，bobo，未完结
安装(install)
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("IRanges")
用法(usage)
## IRanges constructor:
IRanges(start=NULL, end=NULL, width=NULL, names=NULL)
## Supporting functions (not for the end user):
solveUserSEW0(start=NULL, end=NULL, width=NULL)
solveUserSEW(refwidths, start=NA, end=NA, width=NA,
rep.refwidths=FALSE,
translate.negative.coord=TRUE,
allow.nonnarrowing=FALSE)
参数（arguments）
| 参数 | 说明 |
|---|---|
| start | 一个空向量或者整数向量，代表开始的位置 |
| end | 一个空向量或者整数向量，代表结束的位置 |
| width | 一个空向量或者整数向量，代表开始到结束的距离 |
| names | 空值或者是一组字符串向量，指定对应的开始到结束的内容 |
| refwidths | 包含参考宽度的正整数向量 |
| rep.refwidths | TRUE或者FALSE，只有refwidths为１时才支持TRUE |
| translate.negative.coord | TRUE or FALSE |
| allow.nonnarrowing |
构造（constructor）
返回包含了由开始、结束和宽度所构成IRanges对象。可以通过两种方式构造：
start、end和width均由数字向量或空值构成，其中end = start + width -1，组成的三列矩阵包含数字（也有可能填充部分NAs）
start属性值为逻辑向量或者是逻辑Rle对象，其生成的结果与
as(start, "IRanges")的结果相同，需要注意的是，这样返回的IRanges实例是正常的。
需要注意的一点是names参数的值始终不会被回收。
示例（example）
注意：以下所有示例均需加载IRanges包！
library(IRanges)
- 基础示例：
IRanges(start=16, end=rep.int(20, 4))
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 16 20 5
> [2] 16 20 5
> [3] 16 20 5
> [4] 16 20 5
IRanges(start = c(5, 9, 6, 7),
end = c(6, 8, 9, 12))
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 5 6 2
> [2] 9 8 0
> [3] 6 9 4
> [4] 7 12 6
- 添加name属性后，输出中每行的最前面有了name值。
IRanges(start = c(5, 9, 6, 7),
end = c(6, 10, 9, 12),
name = c("A", "T", "G", "C"))
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> A 5 6 2
> T 9 10 1
> G 6 9 4
> C 7 12 6
IRanges(c(1, 10, 20), width=5)
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 5 5
> [2] 10 14 5
> [3] 20 24 5
- 基本操作
常用方法：
- 使用start() ，end()，width()进行参数更改。
- 使用向量、名字以及逻辑值进行索引。
- 算数加减、整体加减（shift）。
- 范围截取（restrict）、两端截取（flank）、组装（reduce）、查找序列间隔(gaps)。
以start()为例说明start() ，end()，width()方法：
a <- IRanges(c(1, 10, 20), width=5)
a
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 5 5
> [2] 10 14 5
> [3] 20 24 5
start(a) + 4 # 可以对start的值进行操作
a
> 5 14 24
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 5 5
> [2] 10 14 5
> [3] 20 24 5
start(a) <- start(a) + 4 ＃通过对start值进行更改从而更改整个数据
a
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 5 5 1
> [2] 14 14 1
> [3] 24 24 1
end()，width()的操作方法与start()类似。
range()：
a <- IRanges(c(1, 10, 20), width=5)
a
range(a) # 统计数据的长度，从start的最小值到end的最大值
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 24 24
切片索引：通过一个向量按行进行索引：
a <- IRanges(c(1, 10, 20), width=5)
a
a[2:3] # 取２-３行为一个切片
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 10 14 5
> [2] 20 24 5
名字索引：通过name属性进行索引：
a <- IRanges(start = c(5, 9, 6, 7),
end = c(6, 10, 9, 12),
name = c("A", "T", "G", "T"))
a["T"] # 按名字切取第二行(尚不清楚为什么只切取了第一个符合条件的值)
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> T 9 10 2
逻辑值索引：
a <- IRanges(c(1, 10, 20), width=5)
a
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 5 5
> [2] 10 14 5
> [3] 20 24 5
a[end(a) < 16] # 按逻辑值进行索引
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 5 5
> [2] 10 14 5
算数加减：加减运算会同时在start和end段进行。
# 从两端同时进行运算
a <- IRanges(c(5, 10, 20), width=5)
a
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 5 9 5
> [2] 10 14 5
> [3] 20 24 5
a + 4
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 13 13
> [2] 6 18 13
> [3] 16 28 13
a - 2
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 7 7 1
> [2] 12 12 1
> [3] 22 22 1
整体加减shift:
library(IRanges)
a <- successiveIRanges(c(19, 5, 1, 2))
a
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 1 19 19
> [2] 20 24 5
> [3] 25 25 1
> [4] 26 27 2
shift(a, shift=3) # shift会同时增减start和end，因此width保持不变
> start end width
> <integer> <integer> <integer>
> [1] 4 22 19
> [2] 23 27 5
> [3] 28 28 1
> [4] 29 30 2
截取范围restrict()：
a <- IRanges(c(5, 10, 20), width=5)
restrict(a, 6, 22)
