开花植物中可根据甲基化富集的区间将基因分为五类：
- UM（umethylated genes）
在gene body上三种甲基化context都不富集 - gbM（gene body methylation）
CG在转录区间上富集，在TSS和TES上缺失。gbM通常是管家基因，且与UM相比，基因更长，进化上更加保守。 - TSS: mCG只在TSS上富集，通常与基因表达负相关。
- CG/CHG gene：gene body上CHG富集，CHH缺失，CG可富集可缺失。这类基因表达量一般较低。
- CHH/RdDM gene：CHH富集。通常不表达。
