PMID: 33828074
杂志:Cell Death Discovery “小小CDD”
概述
细胞焦亡(Pyroptosis)指细胞的炎性坏死,属于程序性细胞死亡。在病理性刺激下表现为细胞不断胀大直到细胞膜破裂为止将细胞内容物释放,进而引起强烈的炎症反应,在机体的抗感染的过程中非常重要。炎症和免疫反应在肿瘤微环境中作用显著,因此作者决定探讨下文献中报道过的31个细胞焦亡相关基因在卵巢癌中的作用。
结果
1.差异分析+PPI
2.一致性聚类
一致性聚类的目的主要是为了说明基因的重要性,令我疑惑的是作者聚类后,跟预后没啥关系,这个怎么解释?编辑不Cue吗?
3.模型构建
常规的unicox+lasso+PCA
4.模型验证
GSE140082芯片外部验证模型可靠性。
5.模型周边
unicox+multicox+富集分析+ssGSEA免疫细胞浸润
总体来说,本文一篇中轨中距的转录组预后数据,且一致性聚类结果并不是很好,能发到4+感觉运气成分很大。个人理解本文最大的亮度在于从33个细胞焦亡基因出发。
参考链接:
A novel defined pyroptosis-related gene signature for predicting the prognosis of ovarian cancer