《天空之城》的主题除了反映战争的恐怖以及对人类高科技的反思，还有一个很重要的一个主题，那就是关于一个少年的成长：男主人公巴鲁如何从一个天真的小男孩蜕变成有担当的小男子汉。
巴鲁是个小矿工，年纪大约十三、四岁，原本过着忙碌又快乐的生活，女主人公希达像天使一样从天而降打破了他平静的生活。
巴鲁与希达一见如故，巴鲁忍不住跟希达分享了他一直藏在心底的秘密。
原来，巴鲁心里有一个梦想，他想去寻找天空之城拉普达，以此来证明自己父亲的清白。他坚信，拉普达真的存在，他的父亲不是一个骗子。为此，他空闲时间一直在研究飞行器。
当一个少年愿意向一个与他差不多年龄的女孩敞开心扉，吐露心底最隐秘的心事，那是他喜欢并且信任这个女孩的表现。而希达不仅懂得巴鲁的感情，还非常珍惜。
强盗朵拉一家和穆斯卡对希达穷追不舍，巴鲁带着希达逃跑，一不小心掉进了矿井，在那里见到了普麻爷爷。
从普麻爷爷那里， 巴鲁证实了自己的猜测：拉普达确实存在。而希达脖子上挂的，正在只有拉普达人才能制造出来的飞行石。他欣喜若狂，跟希达约定要一起飞上天空寻找拉普达。
可是希达最后还是被穆斯卡抓走了。穆斯卡用巴鲁的生命威胁希达，希达只好同意与穆斯卡合作。
希达被迫与巴鲁告别，可是此时的巴鲁对于人性还不了解，他误会了希达。
希达：巴鲁，答应我，忘了拉普达。
巴鲁：什么？
穆斯卡：军方请希达小姐帮忙调查拉普达。军方决定会秘密前往的，我能明白你的心情，但我希望你不要再插手这件事了。
巴鲁：希达，真的吗？那……
希达：抱歉，给你添麻烦了。谢谢你，我不会忘了你的。
巴鲁：怎么会这样！希达，我们不是约好了吗？
希达：再见！
巴鲁以为希达背叛了自己，忘了他们曾经的约定。他伤心地回到自己的小屋。
强盗头子朵拉正在他的小屋里等着他。朵拉出现在这里，就像是神话故事里英雄的召唤者。他们的对话很有意思：
朵拉：小子，连个小女孩也不能保护好。
巴鲁：什么？
朵拉儿子之一：这小子有金币！
朵拉：瞧瞧，你为了钱把女孩卖了？！
巴鲁：才不是，我不会做这样的事。
朵拉：那他们肯定用这钱收买你，让你收手，是吧？
巴鲁：是希达让我离开的，所以……
朵拉：呸！所以才拿了钱猥琐地跑回来了，是吧？你还是个男子汉吗？啊？
巴鲁：别嚣张！你们不还是也要抓希达吗？
朵拉：那当然，天下有哪个强盗不喜欢钱？不过那个家伙很奇怪，为什么偷偷摸摸地想绑架那女孩。你想他们会让那女孩活下来吗？
巴鲁：啊？！
朵拉：希达那么说的，白痴！她当然是想要救你，所以被迫做出的决定。
朵拉另一个儿子：你什么都知道呢，妈妈！
朵拉：当了这么50年的女人也不是白当的。她没哭吗？为了救她男人，故意摆出一副狠心的样子，跟我年轻的时候一个样！你们要是娶媳妇的话，就要找像她这样的。
这段对话有点长，但非常有意思，完全洗白了朵拉一家。朵拉在这段对话中展现了性格中光明磊落的一面，她极为欣赏希达，对希达为了救巴鲁而牺牲自己的行为啧啧称赞。而朵拉的儿子们，这时候看起来也一点也不可恶，反而显得傻呼呼的，十分可爱。
朵拉的话点醒了巴鲁，巴鲁终于明白希达良苦的用心，他也从朵拉的分析中意识到：希达面临着生命危险。
巴鲁佩服希达的勇敢，他对希达的感情已经不再是喜欢，而是爱慕了。这时候，他内心的勇气被唤醒了，他决心踏上冒险之旅，从穆斯卡手中救出希达。因此，巴鲁决定与朵拉合作。
朵拉在影片中的形象塑造得很立体，她的性格中既有贪财、蛮横的一面，也有仗义、果敢的一面。她不畏艰险，跟军方的歌利亚扛上，一方面是为了得到拉普达传说的金银珠宝，另一方面是为了帮助希达和巴鲁。
巴鲁乘坐朵拉的飞行器，在军方基地的高塔上成功救出了希达，用行动证明了自己是个小男子汉。
巴鲁救希达的一幕浪漫而惊险。希达在塔顶，当她看到巴鲁坐的飞行船靠近，她不顾一切地跳向巴鲁。而巴鲁站在船尾，准确地伸出手在半空中拉住了希达。希达和巴鲁的高度默契行为，表明他们之间的信任已经达到可以生死相依的程度。
希达在混乱中不小心失去了飞行石，飞行石恰好被穆斯卡获得。飞行石因为希达的咒语发出圣光，圣光指示着拉普达的位置。拉普达面临着被侵占的危险。
希达的家族使命是保管好飞行石，守护拉普达。所以希达必须从穆斯卡手中夺回飞行石。她需要依靠朵拉的帮助。
朵拉虽然身份是强盗，但在剧中的设定更多的是正义力量的支持者和帮助者。
影片到最后，希达在拉普达的中枢夺回了飞行石，她把飞行石给了巴鲁，决心以死守护祖先的居住地。
巴鲁不愿意违背他与希达曾经定下的约定，他和希达一起来到拉普达，要么两人一起离开，要么一起留下。
于是，巴鲁作了一个决定，与希达一起念出毁灭咒，把拉普达毁灭。
做出这个决定的巴鲁是勇敢而智慧的。
说巴鲁智慧，是因为只有拉普达毁灭了，希达所担心的穆斯卡妄图控制地球的力量才会毁灭，地球上的人类才能幸免于难。
说巴鲁勇敢，是因为以两个人的死来保全地球上所有的人类，这时候的巴鲁和希达，实在太令人钦佩。
不过，最终的结局，拉普达下半部分的球体瓦解，高科技设备被毁，上面的城堡完整地保留下来，希达和巴鲁被树根卡住，最后两人被朵拉一家所救。
巴鲁，一个小矿工，就这样通过一次惊险的天空之旅，完成了从男孩到男子汉的蜕变。
