明朝的军队建制是卫下辖千户所，千户所下辖百户所，百户所下辖总旗，总旗下辖小旗，小旗是最基本的作战单位。在正规军的394个卫所中，有65个守御千户所是独立建制，不受卫的约束，它们一般都分布在要害地区或两卫之间无法衔接的部位。通常情况下一卫统辖五个所，兵员5600人；卫的指挥机关叫“指挥使司”，设指挥使一人，正三品指挥同知二人，从三品指挥佥事四人，正四品卫镇抚二人，从五品经历一人，从七品知事一人，正八品吏目一人，从九品仓大使、副使各一人，各司其职，逐级负责。一个千户所下辖十个百户所，兵员1120人；千户所设正千户一人，正五品副千户二人，从五品所镇抚（镇抚是专管军纪的官员，百户缺员时可代百户行使职权）二人，从六品吏目一人，与65个独立的守御千户所的官兵配置大体相同。一个百户所下辖两个总旗，兵员112人；百户所设正六品百户一人，从六品试百户一人。总旗下辖五个小旗，兵员56人；小旗管辖10名士兵。
明朝的卫所分内卫和外卫，外卫的管理机构叫都司，省级管理单位叫都指挥使司，简称都司，明初按地域划分都司使司23个，所辖卫所347个，分别隶属于五军都督府（即前后左右中五军）直辖于兵部。内卫分京营和亲军都护府，京营又分南京京营和北京京营，共设卫35个，主要负责京师的守备；亲军都护府设卫12个，主要负责皇宫的守卫、皇帝的护驾等项事宜，亲军都护府由皇帝直接指派的亲信大臣统辖，不受兵部领导。亲军都护府的第一卫叫锦衣卫，下辖17所，主要负责皇帝出行的护驾、护卫、仪仗和皇帝交办的缉捕刑狱、密侦查抄等项事宜，在锦衣卫中由皇帝钦典忠诚奉守，武功高强者180人为带刀侍卫，用以守护皇宫大殿，时刻不离皇帝左右，享有无上的权利。锦衣卫同内务府的太监有着本质的区别。以上各卫所的隶属关系和统辖规模在朱元璋驾崩后的历代继承者中，根据个人的需要都有很大的变动。
上述以守御为目地的军队建制如果遇到大规模的战事时，则由皇帝亲自点将称“大将军”一名，“副将军”多名，由兵部酌情征调各卫所由指挥使和正千户分别带队集结从征，战后官军各回其卫所。
在卫所中占压倒性多数的是分散设置在中国全境的外卫。在和平年代外卫的职能是：戍军（从事戍守城池、巡逻和海防），屯军（从事军屯之耕作），运军（从事运输通讯），班军（轮流上京城执行勤务的番上和轮流在边境执行勤务的番戍）等。当然，根据卫所所在地具体情况的差异，有的以戍军为主体，有的以军屯、运输和执行勤务为主等等多种多样。
明朝禁卫军指驻扎京师以卫京城之军。明太祖定都南京，集全国卫军精锐于京师。遇兵事以京军为主力，抽调各地卫军为辅。洪武中有留守等四十八卫。永乐迁都北京后，以京师置于国防前线，成为全国的军事中心，增为七十二卫，并定制立京军三大营，有五军营、三千营和神机营。永乐八年（1410年），分步骑军为中军，左、右掖，左、右哨，称五军营。除统领在京卫所外，还统领每年从中都、山东、河南、大宁各都司轮番到京师操练的兵士十六万人。三千营以边外降丁组成，分为五司。神机营专用火器。永乐时，征交阯，得火器法，立营肄习。提督内臣、武臣、掌号头官的设置同三千营。
皇帝亲军共26卫（不隶属五军都督府）： 锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫（以上12卫，洪武时设置）。金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（以上10卫，永乐时设置）。腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫（宣德八年设置）. 锦衣卫：掌侍卫、仪仗、缉捕、刑狱. 旗手卫：掌旗鼓、守卫。府军前卫：统领幼军（补充兵）。金吾、羽林等十九卫，掌守卫巡警。腾骧等四卫，掌随驾护卫。
明代的军制，继承发展了唐、宋、元三朝的兵制特点，建立了卫所制。明代的军籍是世袭的，卫所兵有定籍，兵农合一，屯守兼备，不但保证了兵源，也满足了军队的供给。明代的卫所极其庞大复杂，分为直属皇帝的亲军京卫和五军都督府下辖的卫所。其中又有屯垦卫，驻守卫、戍军卫和护卫。全国的卫军人数多达二百余万，在明中后期都超过了二百六十万。
亲军上直二十六卫，分别是：金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫（以上旧为上十二卫）、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、 燕山右卫、燕山前卫、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫、武功中卫、武功左卫、武功右卫（此三卫为军匠，隶属工部管辖）、永清左卫、永清右卫，以上俱不属五军都督府管辖。
五军都督府所属卫所既有在京的也有在外各省的，其中左军都督府在京管辖：留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫六卫。在外下辖浙江都司十六卫、三十八个千户所；辽东都司二十五卫、十八个千户所；山东都司十九卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
右军都督府在京管辖留守右卫、虎贲右卫、武德卫三卫。在外下辖直隶都司一卫，陕西都司二十八卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。陕西十二卫、三个千户所。四川都司十一卫、十个千户所，二个仪卫司、一个群牧所。广西都司十卫、二十三个千户所、一个仪卫司。云南都司二十卫、二十个千户所。贵州都司十七卫、十二个千户所。
中军都督府在京下辖四卫，在外下辖直隶都司二十六卫、十六个千户所、中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南都司十二卫、六个千户所、七个仪卫司、四个群牧所。
前军都督府在京下辖三卫。在外下辖直隶一卫，湖广都司二十七卫、三十三个千户所、四个仪卫司、三个群牧所。湖广七卫、九个千户所、三个仪卫司。福建都司十六卫、二十个千户所。江西都司四卫、十一个千户所、三个仪卫司、二个群牧所。广东都司十五卫、五十一个千户所。
后军都督府在京下辖二十卫。在外知直隶三十四卫、十二个千户所。河北都司二十三卫、八个千户所。山西都司九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
另外其他都司下辖三百八十四个卫所，实际皆为少数民族的土官卫，同样在云南、四川、贵州和甘肃也有为数众多的土官卫所，但并不属于明代的正规卫军。
