在秦始皇帝陵博物院内，秦兵马俑一号坑遗址保护大厅西端北侧，有一座面积约520平方米的秦兵马俑三号坑遗址。1976年5月1日，继一号坑和二号坑之后，秦兵马俑三号坑遗址被发现。1989年9月27日，秦兵马俑三号坑遗址展厅正式对外开放——
1977年3月至12月，考古工作者对秦兵马俑三号坑遗址进行全面发掘。这座俑坑的面积很小，为一号坑的二十七分之一，约为二号坑的十一分之一。此坑没有经过大火焚烧，但是陶俑遭到人为破坏，自然坍塌，残损严重。目前，普遍认为这里是统帅三军的指挥部。
秦兵马俑三号坑平面呈“凹”字形，沿着墙壁修建高约3米的夯土二层台，南北两壁中部各有一条向外深处的长方形沟槽。在俑坑东边中部，有一条斜坡门道，门道与俑坑交接处用立木封堵。俑坑坐西朝东，地面青砖墁铺，从上向下俯瞰，可以看到通过长廊连在一起的南、中、北三部分空间。
秦兵马俑三号坑的中部是一座车马房遗址，东端与门道相通，南北连接着厢房。这里出土一辆木质战车和四件陶俑：战车为双轮单辕，前驾四马，两骖两服；四件陶俑分别为军吏、御手和两名车士，车上有乘员四人，被称为“驷乘车”。根据推测，这辆车应该是向全军传递主帅命令的指挥车。
秦兵马俑三号坑的南部是一座平面呈“土”字形的厢房，由甬道、前室和后室组成，也被称为“南厢房”遗址。这里总共出土42件陶俑，夹道而立，面均相向。当时，它们的手持的不是进攻性的武器，而是一种名叫“殳”的仪卫性武器。由此可见，这些陶俑是没有实战职能的殳仗队，这里可能是召集军吏议事的场所。
秦兵马俑三号坑的北部是一座东西向长方形的厢房，被称为“北厢房”遗址。这里总共出土22件陶俑，没有经过修复，保持出土状态。在北厢房中间，有一段残木痕，可能是门楣的遗迹。据说，这里没有发现任何陈设，只有一件残损的鹿角和一堆动物骨骼。由此判断，这里应该是宴饮或者祭祀的场所。
秦兵马俑一号坑、二号坑和三号坑遗址是统一的整体，象征着驻守在秦始皇帝陵旁边的宿卫军。其中，一号坑为右军，二号坑为左军，三号坑为指挥部，也被称为“幕府”。但是，在三号坑内，为什么没有发现将军俑呢？谁才是这里真正的指挥者呢？有人认为：兵马俑的最高指挥者就是秦始皇帝！
