非标定量法[Labelfree]是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。蛋白质非标记定量技术（Label Free）是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
非标定量法( Label-free)是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关，因此蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种，第一种spectrum counts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。
目前，已经有一系列配套的非标记定量分析软件，其中包括的GE公司开发的DeCyder MSTM商业化软件，领先的蛋白质组学定性定量算法MaxQuant。运用这些软件，对液相色谱串联质谱数据非标记定量分析是将质谱数据由谱峰形式转化为直观的类似双向凝胶的图谱，谱图上每一个点代表一个肽段，而不是蛋白质；再比较的不同样本上相应肽段的强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。实践证明其具有很好的定量准确性和可信性，现在已经逐渐成为蛋白质组学领域内的标准解决方案。
基于SILAC和iTRAQ的定量蛋白组学研究技术都是首先标记蛋白然后利用质谱进行分析；尽管提供的蛋白定量信息量巨大，但是标记试剂比较昂贵，每一个样品的成本较大，因此比较适合在整个蛋白组水平上对蛋白的表达变化进行定量的分析；对于相对简单的蛋白混合物，比如说co-IP的样品来说，投入产出比比较低；对于某些翻译后修饰方式的蛋白组学研究来说，比如泛素化研究，本身泛素化就是发生在赖氨酸上侧链上，对于泛素化肽段的富集是利用针对赖氨酸侧链上残留的两个甘氨酸（gly-gly）的抗体来实现的，但是iTRAQ试剂的标记会对此富集过程产生很大的影响，因此就不能使用iTRAQ标记技术对组织样品的泛素化修饰进行组学水平上的分析。
Label Free定量分析技术就是基于此实验需求建立起来的定量蛋白组学技术。 同一个肽段在质谱分析过程中离子化效率相同，质谱峰的面积就直接代表了该肽段量的多少，因此可以直接通过比较同一肽段质谱峰面积的方法直接得到该肽段所代表的蛋白的相对定量信息。
