用cytoscape画ppi的时候总是网络过大,边太多,做出来的图就乱七八糟、黑乎乎的,像下面这样:
ppi网络
解决办法就是隐藏一部分边就可以美观很多啦。
首先,得做一个边文件,选出你想要保存的重要的边。我是用R做的,边的格式像下面这样:
边文件
第一列是genea (interacts with) geneb,注意有空格,第二列是边的分组。把想要的边放入一组。
导入table,选导入边,之后就变成这样了
导入table
边的属性多了一组
然后!重点来了,把不需要的边透明度调成0,需要的边调成255(或者随意):
列选择你定义的组
边一下子就少了不少啦
看起来好多了
最后改一改边、点颜色大小粗细形状巴拉巴拉,一个图就看来干净不少啦
就杰样吧