mkdir
用途：创建目录
1： mkdir do
在当前目录下创建名为 do 的子目录
2： mkdir do/align
在子目录 do 下创建名为 align 的子目录（子目录 do 已经存在）
3： mkdir –p hba/tree
含义：在当前目录下创建名为 hba 的子目录，并在子目录 hba 下创建名为 tree 的子目录
rmdir
用途：删除目录
1： rmdir tmp
含义：删除当前目录下名为 tmp 的子目录，该子目录中没有文件和子目录
cd
用途：改变目录
1： cd
含义：回到用户主目录，即登录时进入的目录
2： cd do
含义：进入子目录 do
3： cd ..
含义：回到上级目录
4： cd hba/tree
含义：直接进入子目录 hba 下的 tree 子目录
5： cd ../do/align
含义：进入上级目录 do 下的 align 子目录
ls
用途：显示文件或目录
1： ls
含义：显示当前目录下子目录和文件名
2： ls -l
含义：显示当前目录下子目录和文件名详细信息，包括属性、权限、大小和创建日期等
3： ls *.fasta
含义：显示当前目录下所有以.fasta 结尾的文件
4： ls hba/hba_*
含义：显示子目录 hba 下所有以 hba_起始的文件
5： ls /tmp
含义：显示/tmp 目录所有子目录和文件
6： ls –lR
含义：逐级显示当前目录及子目录下所有子目录和文件
cat
用途：显示或编辑文本文件
1： cat > cat1
含义：往 cat1 中逐行输入文本，用 Ctrl-D 结束输入
2： cat >> cat1
含义：往 cat1 中逐行追加文本，用 Ctrl-D 结束输入
3： cat cat1
含义：显示文本文件 cat1 中的内容
1）cat和EOF简介cat 用于显示文本文件内容，全部输出EOF “end of file”，表示文本结束符
2）使用
用法1.多行导入文件（新建文件或者覆盖文件内容）
在cat <abcd.txt命令 与下一个输入的EOF行之间的所有文本行都会被当做是stdin数据。
root@unbuntu:/# cat << EOF >abcd.txt
> uu
> hello world
> ii
> hah
> EOF
用法2.文件追加
cat << EOF >> test.sh
3）说明
其实可以用其他字符来代替EOF，它也只是个标识符而已！
如果cat内容中带有 $变量的时候会将$和变量名变成空格，想到到转义字符\添加之后可以搞定。
less
用途：显示文件内容
1： less 209hba.list
含义：逐屏显示文件 209hba.list 内容，回车进一行，空格进一页， q 终止显示
cp
用途：复制文件
1： cp seq1 seq2
含义：将文件 seq1 复制到文件 seq2 中，保留 seq1
2： cp *.fasta ../keep/
含义：将所有文件名以.fasta 结尾的文件复制到上级目录的 keep 子目录中
3： cp ../seq/hba_human.sw .
含义：将上级目录的 seq 子目录中名为 hba_human.sw 的文件复制到当前目录中
4： cp /tmp/tf/zmtf-pep.fasta blast/
含义：将/tmp 目录中 tf 子目录中名为 zmtf-pep.fasta 的文件复制到当前目录中名为
blast 的子目录中
mv
用途：更改文件名
1： mv seq1 seq2
含义：将文件 seq1 改名为 seq2，不保留 seq1
2： mv hba_human.fasta pku08s1/hba
含义： 将当前目录下文件 hba_human.fasta 移到子目录 pku08s1 下的子目录
hba 中
rm
用途：删除文件或目录
1： rm seq2
含义： 删除文件 seq2
2： rm *.txt
含义： 删除所有以.txt 结尾的文件
3： rm –r temp/*
含义： 删除子目录 temp 下所有子目录和文件，保留该目录
4： rm –r temp
含义： 删除子目录 temp 和该目录下所有子目录和文件
chmod
用途：改变文件或目录权限
1： chmod –w ppf1.fas
含义：取消所有用户对 ppf1.fas 的写权限
2： chmod +w seq1
含义：将当前目录下 seq1 设置为本用户可写，其他用户权限不变
3： chmod -w keep/
含义：取消子目录 keep 写权限，不能在该目录下创建和删除文件或子目录
4： chmod 755 bin/*
含义：将子目录 bin 下所有文件设置为本用户可读可写可执行，其它用户可读可执行
Vim
用途：Vim是一个文本编辑器。
df -h :硬件信息查看
看一下硬盘有多大，有多少可用空间，只需要运行 df -h 命令
Linux diff
命令用于比较文件的差异。
diff以逐行的方式，比较文本文件的异同处。如果指定要比较目录，则diff会比较目录中相同文件名的文件，但不会比较其中子目录。
语法
diff [-abBcdefHilnNpPqrstTuvwy][-<行数>][-C <行数>][-D <巨集名称>][-I <字符或字符串>][-S <文件>][-W <宽度>][-x <文件或目录>][-X <文件>][--help][--left-column][--suppress-common-line][文件或目录1][文件或目录2]
实例1：比较两个文件
[root@localhost test3]# diff log2014.log log2013.log 3c3< 2014-03---> 2013-038c8< 2013-07---> 2013-0811,12d10< 2013-11< 2013-12
上面的"3c3"和"8c8"表示log2014.log和log20143log文件在3行和第8行内容有所不同；"11,12d10"表示第一个文件比第二个文件多了第11和12行。
（a=add,c=change,d=delete）
# sed =：先输出行号，再输出每行的内容
Linux -grep
grep [options] ‘pattern’ filename
