本文记录了:
- 我提交PBS作业的脚本模板;
- PBS常用的一些命令。
我提交PBS作业的脚本
#!/bin/bash
##PBS -S /bin/bash
##PBS -N M
##PBS -l nodes=1:ppn=1
##PBS -e flash_$PBS_JOBID.err
##PBS -o flash_$PBS_JOBID.log
##PBS -q batch
##PBS -V
cd your_working_directory
/miniconda3/envs/R_4.1.3/bin/R CMD BATCH test.R >temp-process.txt 2>temp-error.txti
上面这段代码的意思是:切换到【工作路径】后,选择指定版本的R,执行R语言脚本test.R
,并将脚本执行过程中的标准输出保存到temp-process.txt文件中,将错误信息保存到temp-error.txt文件中(数字2表示标准错误流)。
如果要使用这段代码,要更改的地方有:
-
cd your_working_directory
:换成你的工作路径。 -
/miniconda3/envs/R_4.1.3/bin/R
:换成你的R。 -
test.R
:换成你的代码的文件名。
PBS常见命令
qsub
:提交作业
qdel
:取消作业
qhold
:挂起作业
qrls
:释放挂起的作业
qrerun
:重新运行作业
qmove
:将作业移动到另一个队列
qalter
: 更改作业资源属性
qstat
:显示作业状态
showq
: 查看所有作业