如果在GEO数据库上一篇文章包括了多个样本,对应到多个SRR run,那么此时一个批量下载SRR 数据的命令就非常方便了。当然,关键在于,你能获得对应的SRR id 或者srr run 下载链接。那么下面的两种下载方法,能提升效率。
1. NCBI SRA 检索结果send to RunInfo
可以在SRA数据库中通过SRP检索得到所有相关的SRR 列表。
【而后可以将下载路径放入到TXT文件,通过本地安装的wget工具,设定输入文件参数,完成批量下载。注意wget工具需要与TXT文件在同一个目录。】
2. srapub+srr ID
https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/srapub/SRR*****
【此命令高效之处在于,只需要提供SRR id即可,无需确定SRR run 下载链接。下载方法与上文相同,构建TXT文件,完成下载。】
下载命令:
wget -i urls.txt -O out_dir