我们知道，在生理上，杏仁核属于原始脑或者说是边缘系统的一部分，我们也知道杏仁核是情绪脑，是快速产生欲望、暴怒、疯狂和极乐的部位。在很遥远的古代，杏仁核可以说是一家独大，控制着大脑中所有的神经回路，作为主操纵台，对不同的武力威胁产生自动反应。大约一亿年前，哺乳动物开始进化成一层新的脑细胞，这层脑细胞像一层薄毯子包在原始的边缘系统外面，叫做新皮层，用于让哺乳动物的祖先们反思自己的感受，并依据这些经过思考时候的反馈来调节自己的行为。从这个时候开始，哺乳动物的理性思考开启了。举个例子，由杏仁核主导的蛇和青蛙，会在饥饿的时候，把他们刚出生的宝宝吃掉，而由新皮层主控的哺乳动物宁可牺牲自己的生命也要保护自己的宝宝。
有经过了几百万年的进化，情绪脑和思维脑之间的关系越来越多、越来越精细、越来越复杂，越来越能够像火热的情绪发出冷静的理由，越来越允许有经过思考后再给出反馈的时间，放慢了情绪自动反应的过程。恐惧、愤怒、伤心、喜悦这些基本情绪逐渐越来越扩展为更微妙、更精细、更复杂、更高级的体验，比如，愤怒分化为像烦恼、怨恨和愤慨这样复杂的情绪；满足感进化为高兴、愉悦、陶醉、极乐等感觉；并且当我们发展出把他人需要置于我们的需要之上的能力时，利他和自我牺牲就出现了。
对于小婴儿来说，他们在出生是就已经基本长好了杏仁核，而发育很慢的新皮层要经过几年甚至几十年才能够夺回主导权，事实上，我们大脑的发育过程就像一部人类大脑发育的进化史。
