操作环境:Win10 Ubuntu子系统
1. 下载参考转录组
下载传送门:http://ftp.ensembl.org/pub/release-76/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz
由于 wget
下载速度太慢,用了神奇的Motrix软件分分钟成功下载到本地。
就是来自技能树推文的安利之一,推文传送门:https://mp.weixin.qq.com/s/whx-n1ktT58WHhWAUa06dw
就是它👇
然后直接将 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz
拖到子系统的工作路径下。
2. Salmon 构建 index
假设已经装好了 Miniconda.
2.1 在小环境中安装 Salmon
conda create --name rnaseq
conda activate rnaseq
conda install -y salmon
2.2 构建 index
失败第一回
salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index
[Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.]
难道是文件不完整吗,抱着这种想法甚至重新下载了1n遍。
失败第二回
看了别人构建好的 index, 里面有 .json
文件,难道是和网速有关?
开着战五渣的手机热点,依然 [Error reading from the FASTA/Q stream. Make sure the file is valid.]
.
失败最终回/成功第一回
查看文件详细信息:
ls -lh
没有权限,毫无权限。
那么就来修改权限🤦♂️
chmod 777 Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz
这是坠吼的
salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz -i homo38_index
所以构建 index 秒失败应该反思哪里呢
- 文件完整性,有必要
- 网速,阔以,么得必要
- 文件权限,非常必要,尤其用了除
wget
以外的骚操作下载
最后,向大家隆重推荐生信技能树的一系列干货!
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