eQTL 分析

转录组+SNP联合分析：Matrix eQTL R包

文献：Matrix eQTL: ultra fast eQTL analysis via large matrix operations（https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts163）

Matrix eQTL网站：http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/runit.html#inst

Matrix eQTL是一款针对大型矩阵可以超快运行进行eQTL分析的软件(http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/)

eQTL（表达数量性状位点）计算transcript-SNP 的关系，即分析SNP与基因的表达是否相关。由于计算数量巨大，很多人都用较小的数据来做。因此该作者开发了Matrix eQTL，用于处理大数据，支持additive linear and ANOVA models with covariates，并且可以将cis- and trans-eQTLs分开计算。

Matrix eQTL相较于其他软件如FastMap — 18.4 min, Merlin — 12.3 min, Plink — 9.0 min, Matrix eQTL — 5.7 min and snpMatrix — 3.3 min要快，它设置一个阈值，只有超过这个阈值的p值才会被计算。

采用的是线型回归模型，g为基因表达情况，s为SNP分型结果。

说明文档http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/runit.html

示例数据：http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/R.html

运行这款软件，需要提前准备5个文件文件，基因型文件SNP.txt, 表达文件GE.txt, 协变量文件Covariates.txt, 基因位置文件geneloc.txt和SNP位置文件snploc.txt。这几个文件格式如下：

file 1：SNP.txt

SNP.txt.jpg

行代表SNP，列代表个体

file 2: snpsloc.txt

snploc.txt.jpg

包含3列，第一列SNP id, 第二列染色体， 第三列SNP位置

file 3: GE.txt

GE.txt.jpg

行代表基因表达量，列代表个体

file 4: geneloc.txt

Covariates.txt.jpg

协变量文件包含个体的性别和年龄

分析示例可参考：①多组学联合分析-Matrix eQTL：//www.greatytc.com/p/6e6d54d7483e

②Matrix eQTL分析：//www.greatytc.com/p/70d7852b7981

③用 Matrix eQTL 进行 eQTL 分析：用 Matrix eQTL 进行 eQTL 分析 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

参考：//www.greatytc.com/p/c520c36fe340

//www.greatytc.com/p/6e6d54d7483e