作者，Evil Genius
好了，开始这篇的内容。
文章信息
A topographic atlas defines developmental origins of cell heterogeneity in the human embryonic lung
2023-01-16; Nature Cell Biology; IF: 28.213; DOI: 10.1038/s41556-022-01064-x
内容概要：结合scRNA-seq的基因表达谱和完整组织切片上的空间分辨转录组学，构建了一个全面的人类肺早期发育的地形图谱，确定了83种肺细胞状态，并推断出了导致肺细胞显著异质性的发育轨迹，反映了肺的结构和功能的复杂性。
我们简单分析文章中的几个问题。
图片1
问题1：定义是否都是先大类，在细分划小类？
通常来讲是，但也有文章像如图这样划到很小类，而且clusters之间的界限模糊，不是明显的分类。
这里再强调一点，细胞定义的时候大家可能在公司分析的时候采用singleR或者CellID等软件，但是当大家写文章的时候会发现问题很大，因为大多数文章都是以markers来界定细胞类型，尤其高分文章，singleR或者CellID并不能提供这些信息，大家要谨记。
问题2：我们在聚类的时候，经常返现某个cluster的细胞有一小部分散在其他地方，这是否是正常的？
这种情况非常多，但是是不太正常的，很多时候是由于质控处理的不合适导致，尤其是多细胞的去除操作，现在单细胞都是以大细胞量著称，更要求严格的质控处理
问题3、细胞niche的分析,图c
这个分析我之前分享过，文章在10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性
第四点，强调空间的临近通讯。图d
图片2
第一点：PAGA是衡量cluster之间连接性的方法，也有软件用来做轨迹分析。
第二点：真正的发育轨迹还是需要单细胞来进行分析，然后投射到空间上。
图片3：
第一点：一般文章都会用多个轨迹分析方法来分析发育，可以断定是哪个结果好用哪个，大家要注意这一点。
第二点：关于图上空间绘图的实现方法，在10X空间转录组之绘图小细节分享
图片4:
这里只是强调一点，空间共定位热图的实现方法，文章在10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性,空间分析的必备个性化分析。
图片5：
再次提醒大家文章的轨迹分析通常采用多个方法。
图片6：
空间举例分析，空间细胞迁移有序性的体现
