基因检测,无论是科研工作者、临床工作者、患者都是一个绕不开得坎
基因检测,到底样本如何选择?血液样本、组织样本有什么区别?开始像这个问题是因为在使用数据库得时候我发现有血液样本数据,有组织样本数据,那这两种有什么区别,应该怎么选?
胚系突变与体细胞突变
按突变发生的时间和来源,可以将身体中的突变分为胚系突变和体细胞突变,查两者之中的哪一个,才是决定采样方式的根本因素。
胚系突变:通俗的说就是受精卵中携带的所有突变(包括从父母生殖细胞中获得的,及发生在受精卵中的新发突变),是先天的。由于人的所有器官都是由一个受精卵发育而来,因此胚系突变在人体细胞中的分布呈现出均一性,并且不会随着年龄和环境的改变而改变。对于胚系突变的检查,那么任何采样方式都是适用的。这一类突变所检查的通常是遗传性问题,如BRCA1/2基因(乳腺癌等肿瘤很常见得基因突变,具有遗传性)。
体细胞突变:即胚系突变之外的突变,这类突变通常是后天获得的,并且受到环境的影响,其在人的身体中并不存在均一性(比如在肿瘤组织中有,正常组织中没有)。因此针对这类突变的检查,如肿瘤靶向用药的基因检测,就通常需要使用穿刺技术获得患病部位的组织,以了解特定部位的基因突变情况。而大部分癌症都是体细胞突变,有些选取组织样本,有些选取血样本,而血液样本实际上就是测循环肿瘤细胞得DNA。
人体细胞在发生凋亡后,部分DNA会释放进血液之中参与循环,肿瘤细胞也不例外。因此通过提取血液中游离的DNA也能知道肿瘤组织中发生了哪些基因突变,这就给那些不便于通过穿刺取得样本的患者提供了另一个选择
1. 有报道称原发灶、转移灶组织和血液基因检测的结果一致性是62%,请注意不是100%,是62%的一致率。
肿瘤原发病灶、转移的淋巴结病灶和血液的基因检测结果并不完全一样,这个似乎可以理解,毕竟肿瘤具有异质性,长在患者体内的肿瘤病灶是很多的小群体,有可能原发灶穿刺取到了这部分癌细胞,转移的淋巴结取到的是另一个部分的癌细胞,而血液分析的是分裂和凋亡比较快的癌细胞群,因此检测出来的基因突变并不完全一样。
2、不是所有患者的原发灶和转移病灶之间的基因检测结果,都是一样的,这也凸显出肿瘤的复杂性。
如果我们将范围仅限于组织样本,也就是目前临床的金标准,结果也不是100%,在原发肿瘤和转移淋巴结之间有76.4%的变异一致率。
肿瘤原发灶、转移灶和血浆是有共同基因分布的,也有不一样的地方,有人在组织里能测到,有人在血浆里能测到。而且不同的人这三种样本检测结果是有差异的。当然也有不一样的。
所以有些人同样的基因突变,为什么药物疗效不一样,这就是肿瘤异质性了。所以最好的方式就是所有标本都测一下,最后折中选择药物。