“三藩之乱”平定之后，康熙帝又平定了台湾，清朝统治渐趋和缓，康熙二十五年，折腾了清初政坛几十年的南北真假“皇太子”案和之后的“朱三太子”已经鲜有所闻，但真正的崇祯帝幼子永王朱慈焕竟然奇迹般地幸存下来。
朱慈焕不仅尚在人世，还繁衍出一个人丁兴旺的大家庭。康熙四十六年（1707年），一场意外使年过古稀的朱慈焕再一次站在风口浪尖上，并随同他的家庭惨遭灭顶之灾。
甲申之变后朱慈焕流落到安徽凤阳时偶遇一位姓王的明朝给事中，说明了自己的真实身份，王给事收养了他，为了掩人耳目，按照凤阳王姓的家谱取名王士元，让他随同自己的几个子弟读书。朱慈焕十九岁时王家突遭变故，朱慈焕再度流落江湖，几年后，他娶了胡姓女子为妻，落户浙江余姚，在家开设私塾。
到了晚年，朱慈焕觉得自己可以松一口气了，所以有一次酒后向一位交往很久的老友透露了一点自己的“秘密”。世上没有不透风的墙。这个有爆炸力的消息很快传了出去。浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚，听说这个消息，就在康熙四十五年（1706年）打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。朱慈焕闻讯大惊，立刻带着一个儿子由浙江逃到山东，没想到两年之后还是被抓了。
康熙四十七年（1708年），念一和尚被捕，四月在山东汶上县躲避了两年多的朱慈焕被官府抓住，和念一对质，两人素昧平生如何认得？朱慈焕一口否认参与谋反，他对主审的官员说：“吾今年七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎？”当然，审讯结果证明他是清白的。虽然念一和尚打着他的旗号，但其实从来没有直接联系上他。官员们当庭让念一和尚来与朱慈焕对质，“及提先生对质，又云不相识”，证明两个人根本不认识。
审问官员也觉得朱慈焕所供有理，将审问结果上报给康熙。不料，事实证明，康熙皇帝所说的“查访明朝后裔”，其实是叶公好龙。随即，皇帝发下谕旨：“朱三即王士元，著凌迟处死。伊子……俱着立斩。”
然而，康熙帝的最后决断，也未能使得“朱三太子”销声匿迹。康熙六十年(1721)台湾朱一贵起义，仍然尊奉“朱三太子”的名号。
可见，在清初很长一段时间内，“朱三太子”已经不仅仅代表着朱慈焕，而是成为一面不倒的旗帜。时时被反清人士所举起。
