位置花斑效应PEV
某些细胞由于染色体倒位或转座，导致有些基因移至异染色质附近，导致基因沉默
eg.果蝇存在红白相间的复眼；源于同一代酵母传代后会有红白相间的菌落
机制
>white基因由于基因倒位，移到异染色质附近，又由于组蛋白修饰，导致常染色质与异染色质的边界不清晰，所以呈现红白相间的复眼
>研究发现，若PEV修饰因子导致的沉默增强，则异染色质区域变多，果蝇的复眼呈白色，表明white基因完全沉默；若PEV修饰因子导致的沉默减弱，则异染色质区域变少，果蝇的复眼呈红色，表明white基因未被沉默
>后续研究发现，PEV修饰因子即Su(var)3-9，是组蛋白赖氨酸甲基转移酶KMT，它在染色体着丝粒附近发挥作用，使H3K9甲基化，HP1作为reader可识别H3K9me，甲基化的发生使该段基因沉默
>Su(var)4-29，也是KMT，使H4K20甲基化
Polycomb Silencing
细胞中有相同的DNA元件与蛋白因子，但表达模式不同且可遗传，即可保持基因沉默状态
eg.果蝇性梳一般位于前足，多梳突变体中，后足也有性梳；AbdA基因在果蝇腹部特异性表达的模式，在发育早期就已经建立
机制
>在多梳突变体中，果蝇的前足与后足都长出了性梳，表明在正常情况下，后足的性梳特异性沉默。
>HOX基因中的多梳响应元件PRE若与PRC2复合物结合，其中的Ez使H3K27甲基化，该甲基化位点被PRC1复合物中的PC识别，随后PRC1复合物中的Ring1b蛋白促使H2A泛素化，PRE在H3K27甲基化与H2A泛素化的双重作用下发生沉默
>HOX基因中的多梳相应元件PRE若与trxG复合物结合，其中的Ash1使H3K4甲基化，Brm介导染色质重塑，随后TFIID识别该甲基化位点，与GTF以及RNA Pol II组装形成PIC，从而PRE被激活转录
X inactivation
雌性哺乳动物的一条X染色体失活，在桑椹胚胎期：父源染色体印记失活；在原肠胚胎期：两条X染色体随机失活一条
机制
>印迹失活：父源染色体的H3K27甲基化修饰
>随机失活：率先转录出Xist的X染色体，会被转录出的Xist包裹，导致X基因沉默
Imprinting
只有来自特定亲代的基因才能表达，不能只依靠单亲传递遗传学性质。印记基因ICE只能从一个亲代单倍体中表达，总聚集成簇且共调控。
机制
>脊椎动物的DNA甲基化发生在散在的CpG位点。然而CpG岛大部分是非甲基化，只有印迹区与失活的X染色体例外「启动子的CpG甲基化导致基因沉默」
>DNA甲基化酶有三种
• Dnmt1：维持甲基化的酶，可恢复复制得的DNA的甲基化，当Dnmt3A缺失后可从头甲基化
• Dnmt3a/b：从头甲基化酶
• Dnmt2：RNA甲基化酶
「哺乳动物的DNA去甲基化酶尚未找到」
>父本母本的同一基因位点存在差异性甲基化区域DMR，DMR关系着其控制的基因是否表达
