1.想要画一个chip-seq的热图，首先要通过bamcompare获得针对IP和input样品的处理后的bigwig文件，
通过运行 命令
bamcompare -b1 IP. bam -b2 input.bam -o log2ratio_IP1.bw，
结果报错
“IP. bam does not appear to have an index. You must index the file first!”
在网上找了下解决方法是运行命令：
samtools index IP. bam
后，重新运行上述bamcompare命令
结果可行。
注：input. bam 也需要进行同样的处理。其实这个index文件也就是测序公司给的*.bam.bai文件。由于我这个分析是在服务器上运行的，上传的时候没有把bai文件也传上去，所以出现了这个问题。
2.前面没有考虑到生物学重复的问题，如果ChIP有两个生物学重复，是不是要合并两个生物学重复后作图？这里就涉及了将两个生物学重复的BAM文件进行merge，需要使用samtools的merge命令：
Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...]
Options: -n sort by read names
-r attach RG tag (inferred from file names)
-u uncompressed BAM output
-f overwrite the output BAM if exist
-1 compress level 1
-R STR merge file in the specified region STR [all]
-h FILE copy the header in FILE to <out.bam> [in1.bam]
