读《来自基因组的一些数学》

本书是郝柏林老师(1934年6月26日—2018年3月7日)在生物信息学领域工作的一些思考,郝先生是著名的理论物理学家,在六十几岁(1997)转向理论生命科学领域研究,而且在这两个领域都著作颇丰。就拿生命科学这块来说吧,不仅有今天我们聊的《来自基因组的一些数学》,还有《生物信息学手册》这样教科书级别的书籍。

人们常说异域风情,带着理论物理的眼光再看高通量测序时代的生命科学,在郝先生的笔下,我们看到ATCG看似自由的组合中蕴含的接近苛刻的次序。可谓是,有着凛冽的美。

本书所言基因组,乃是人类基因组计划之后,基于NGS技术人类得以测量的包括人类在内的各物种的基因组。在上个世纪,郝先生就在书中提到高通量测序会改变生命科学的研究范式:从证伪到大数据。在本书的前言中:

其实这一论断,放在今天仍然不算过时,就算是【科学工作者很少有时间去思考更深层次的问题】这一现象也是一样。

同样地,对我们做单细胞数据分析的朋友来说,当然是遇到了好时候。但是后面的【力争全局在胸,坚持单刀直入。入门是不难的,深入也是办得到的,但是“找到感觉”是不容易的】这一描述是数据分析过程的一个缩影。

本书的轮廓是,希望在全局上研究基因组,面向整个基因组试图提出之前人们没有,或者解决不了的问题。如,如何刻画特定的基因组,如何预测一个新基因,某个物种的基因组序列有没有特定的序列?这些问题的提出,给人一种豁然开朗的感觉,就像一直都在低头拉车,突然有位老者提醒你:小伙子,抬头看看天上半明半暗的云。

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