首先，我们需要知道的是冷凝水影响菌种的生长吗？答案是肯定的，如果母种培养基带有比较多的冷凝水，那么都不会太好。怎么可以避免这种情况？如何才能做得更好？
其原因可能有以下三种：
1. 培养基较热时就密封盖板，导致水蒸气在盖板上凝结。制好的琼脂培养基上面有水滴，主要是在搁制斜面过程中，室内温度与管子温度之间的温差太大而造成的，特别在冬天更易产生。斜面在搁制过程中，试管外壁降温快，而里面的琼脂降温慢，就是凝固了的琼脂还是比室温高。管内的热空气碰到冷壁就会产生大量的冷凝水，附在凝固的琼脂上，如果是少量水，放在加温的培养室（箱）内1-2天就会消失，如水分太多，只能另制新的解决方法。在倒制培养基平板时，将倒制的平板迅速的摞在一起；如果条件允许，可以在最上面的培养皿内倒上半培养皿的热水，静置至平板培养基凝固。除了极个别平板以外（如果最上面放置半培养皿的热水，则所有的培养皿平板都不会出现水蒸气附着在皿盖上的情况），所有的平板盖上面都没有水蒸气产生，非常利于后续试验的进行，大大提高了实验效率。
2. 组培室内温度偏高，导致培养基中水分蒸发。可以适当降低房间温度。
3. 琼脂平板表面或内部有微生物生长，呼吸作用等代谢产生水分，并且使得培养基内部温度升高，水分蒸发，凝结在平板上。针对该原因，可优化生产工艺,及改进型的培养基配方,附加干燥剂,在密封的包装内部形成水汽的动态平衡,很好地避免冷凝水的形成。（其本上因为该 原因的使用的皿需要进行CAPA调查了。）
针对有水滴现象，可以通过下述操作，尽可能地避免不利影响：
一、特别要注意消毒灭菌后的操作，待压力自动降到“0”后，先打开通气阀，把剩余的压力减压后，再打开压力锅盖，但不拿走，在锅上移开一道缝隙，让锅内的热气涌出，让棉塞和试管内的水蒸气先蒸发一部分。此时的试管温度在100℃左右，不能马上拿出，约半小时后或1小时左右，此时的棉塞已烘干、试管温度已下降到60-70℃，再拿出试管搁至斜面，而且试管要搁在小棉垫上，上面再盖小棉被（夏天可铺盖报纸等）或者放在加温的培养室（箱）内搁更理想。
二、母种培养基灭菌完毕，取出摆放斜面后，可用多层厚厚的干净纱布等将刚摆好的试管培养基盖好，一是可以防止在冷却过程中有灰尘降落在试管培养基表面，影响以后的无菌操作；二是可以防止在冷却过程中，玻璃试管内外温差过大，尽量降低冷凝水的形成。实际上，这一方法还不能完全杜绝冷凝水的形成；
三、如用硅胶塞封试管口，可提前一周将母种培养基做好。如果用棉塞封口，时间可适当缩短，这样经过一周左右的静置，母种培养基管壁和斜面上的冷凝水可基本蒸发掉，在使用时就会非常方便。这一点可能有很多人反对，因为很多教科书上说，母种培养基要现做现用，或尽快使用，否则容易被杂菌污染，其实没有那么严重，只要母种培养基灭菌彻底，放置时间再长也没有什么问题，这一点大可放心。不过在放置时要注意环境卫生，培养基试管口要稍微抬起放置，不能放在灰尘很多的地方，试管口可以用牛皮纸包好，特别是棉塞封口的培养基不能密封保存，防止棉塞滋生杂菌，这一点很重要。
如果实在要急用培养基，带冷凝水接种也可以，有可能在菌丝生长时会受到冷凝水的影响，生长暂时可能表现不良，不过没有问题，随着水份的蒸发和菌丝的快速生长，慢慢就会表现正常。这里提几个细节，如果带水接种，在母种培养阶段，母种培养基的口部要稍微抬起，防止冷凝水流到管口，打湿棉塞或硅胶塞，这个会对菌种的质量产生不良影响；如果冷凝水太多，可在接种时倒掉，这时要注意无菌操作，不能让冷凝水回流，倒完后，继续保持倾斜姿势，在酒精灯火焰附近将管口灼烧后，才能开始接种操作，严防管口带菌，随水回流进入管内，造成不必要的污染；也可将管口先灼烧灭菌后，再将水倒掉。
