数据质控：fastqc
fastqc软件可以对fastq格式的原始数据进行质量统计，评估测序结果，为下一步修剪过滤提供参考
fastqc的常用参数
- -h 打印fastqc的帮助信息
- -o 设置输出目录，此文件夹一定要存在，否则无法生成结果；若不设置此参数，默认将结果输出到文件所在文件夹
- -j 制定Java的路径，否则Java命令存在于系统环境变量 PATH中
- -f 制定输入格式，默认为fastq，可选格式为：bam、sam
- -t 线程数
- -v 软件版本信息
- -d 存放质控过程中产生的临时文件，如不设置，则使用系统的临时目录
#创建储存输出结果的文件夹
mkdir qc
#创建文件夹地址变量
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fq
qcdir=/trainee2/Mar7/rna/project/qc
#多个数据质控
fastqc -t 10 -o ${qcdir} ${fqdir}/SRR*.fastq.gz
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# 如果样本比较大，用vim写脚本，然后挂到后台
vim qc.sh # 在脚本里写入命令，命令里含有自定义变量，也要写到脚本里
fqdir=/trainee2/Mar7/rna/project/fq
qcdir=/trainee2/Mar7/rna/project/qc
fastqc -t 10 -o ${qcdir} ${fqdir}/SRR*.fastq.gz
touch finished.ok #任务结束后的提示
# 挂到后台
nohup sh qc.sh >qc.log &
multiqc整合fastqc结果
multiqc *.zip
#也可以用vim写在前面的命令脚本里
