黄仁宇先生以万历十五年前后的历史作为行文背景，讲述了万历朝代兴衰的由来，并在此基础上细致分析了其中所涉及的几位重臣。黄先生以人物内心剖析的形式，分析了万历皇帝以及其他重臣在面对明朝衰颓的局势而做出的选择背后的原因，深刻反映了万历朝代背后所蕴藏的巨大危机。
首先来分析一下《万历十五年》中的三个主人翁:万历皇帝，张居正，申时行。
作为一朝之主，万历皇帝在黄先生的笔下并没有过多着墨，他的矛盾、他的壮志、他的失望是通过对张居正、申时行的行为而突显出来的。作为一朝之主，万历皇帝一开始是有为仁君的壮志的，不过在后来与现实的碰撞中逐渐被消磨。他九岁继任大统，刻苦学习，尊师重道，与两位首辅之间都保持着亲密的关系。他听从张居正的劝告，放弃了自己喜欢的书法，又为了协调自己与百官之间的矛盾，放弃了内军的操练。可他在不停地妥协与放弃中逐渐看透了自己作为皇帝的本质:在道德的戒尺下向自己的臣民臣服。他的放弃是不会有底线的，百官也永远不会有满足的时候，不管他怎么做都无法使所有人满意，他的心中充满了愤怒与失望，于是他开始了自己的无为生涯，与众臣开始了长时间的对峙。万历最终没有成为一个好君主，也没有成为一个使自己满意的人。他耗尽心力所堆积出来的愿望，都在他死后化为灰烬。这是身处皇室所必须接受的命运。生而孤独，死而孤独。
张居正是明朝受争议最大的人物。他以自己的才能帮助小皇帝稳住了朝中局势，使小人有所忌惮。除了招架复杂的人事系统，他在经济管理方面也展现了自己的抱负。可正因为他过人的才能，无论是活着还是死去，他都成为了众矢之的。靠政治力量压制群臣，自负，不屑成为道德模范，导致他在死后被抄家的悲惨命运。
申时行在吸取了张居正的教训之后，选择了一套与张居正完全不同的行事方法。“使小人有所忌惮，而贤者有所依归”是他所奉行的唯一准则。他在职期间努力协调皇帝与百官之间的矛盾，努力协调文官系统内部所存在的各种矛盾冲突。他并没有做出较大的贡献，却使整个朝廷在蕴藏各种矛盾与危机的情况下勉强运行了八年之久。他并没有使所有人都满意，但也没有使所有人都失望。他谦虚谨慎，没有成为张居正一般的人物。
再来分析万历朝代的这三个重要的上层管理者。万历皇帝作为CEO，没有很清楚地意识到自己的朝廷所面临的问题，一味以逃避的方式来面对自己作为皇帝的失败，而且个人情感与组织管理也没有很好地区分开来，给CEO的身份又加上了困难。张居正和申时行作为两种不同类型的管理者，在一开始就表现出了不同的处事态度。张所标榜的是发展，申所追求的是稳定。我们无法过度评判这其中战略的对与错，毋庸置疑的是，每个人都是在自己所处的环境下做出了最好的选择。张居正面临的是一群安于现状不思进取的朝臣，他以激进打压的方式迫使朝廷暂时摆脱了懒惰的表象，推动这万历这个巨轮滚滚向前。张居正深知人性的缺陷，他信仰拳头的力量，却没有预料到小人一旦摆脱了打压的后果。申时行在亲眼见证了张居正的兴与败之后，更加确定了自己的策略。他所面对的是一个遭到张居正激进打压而满是伤痕的朝廷，这个时候他若是成为另一个张居正，招致的肯定是祸事，首辅的位置自然是不长久的。他所需要的是安抚，安抚对大臣失去信心的皇帝，安抚对上级管理者失去信心的众臣，安抚对道德力量产生质疑的文士。他折中妥协，赢得了皇帝与大臣的信任，他克制自己，自己成为道德模范。妥协的老好人未必没有贡献，却终是不如独裁者那般令人印象深刻。所谓时势造英雄，不同的时势造就的是不同的英雄。历史既然对丰功伟绩有所定义，那么对英雄就会有着这样的硬性要求。所以，申时行没有英雄光环，从头到尾都没有。所以，在一个组织中，难以权衡的是自己要去做一个什么样的角色。是一个协调者还是一个群体英雄？这主要取决于你的性格和你的选择。
说完万历朝的三个主要管理者，我们不妨来看看万历朝这个组织整体的构架问题。用一句话来概括就是:道德意识统治的帝国政治。整个机构在很大程度上是依赖于道德来弥补制度的不足。所以一旦某些人脱离了道德规则的约束，整个系统就会出现不同程度的瘫痪状态。张居正就是一个典型的例子。基于道德观念的统治，文官系统又出现了道德与物质相分离的双重性格，并由此引发了不同规模的冲突与矛盾。申时行深知整个系统的弊端。却无奈于短期变化的不可能性，就只能将其压制于平和的表象之下。技术不够，道德来凑，显然是难以长久的。
再从宏观角度把握一下万历朝的发展状况。制度本身的不完善，组织的混乱，高层管理者的不作为，这些已经将整个帝国置于风雨飘摇之中。皇帝与文官系统的内部消耗已经浪费了发展的大部分精力，以至于底下个别基层官员的呼号难以受到重视。戚继光对军队的整顿，对外敌的挫败未能引起万历朝代对军事的整顿与发展，李贽在思想上的顶撞也未能转移整个帝国的注意力。这些都是接下来三个世纪中华民族遭受挨打、落后于世界发展的重要原因。组织的不完善只是招致了王朝的更替，缺乏战略性的发展眼光却造成了整个民族思维的惰性，造成了日后长期的落后挨打。
