本文主要讲bed文件的制作，记录一下绘图的过程，命令行可能会有更简洁的方式
首先确定自己要绘图的物种以及区间的位置
- 物种：chicken
- 染色体：1
- 区间： 92600001-92900000
制作该区间的bed文件
#1.先下载某一个版本的鸡的基因组注释文件
#2.进入存放注释文件的目录下输入下面的命令 具体的我就不解释这么详细了，看代码自己理解
grep -v "#" Gallus_gallus.GRCg6a.101.gtf |grep -E "CDS|utr"|awk '$1==1{print$0}'|awk '$5>=92600001&&$4<=92900000{print$0}'|sed "s/\"/\t/g"|awk '{print $16"\t"$4"\t"$5"\t"$3}'|awk '{print $1"\t"$2-92600001"\t"$3-92600001"\t"$4}'|sed "s/five_prime_utr/UTR/g"|sed "s/three_prime_utr/UTR/g"
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输入数据如下
NNQ{46B`JY$}`$1ZF03DYKB.png -
图像如下
image.png
该图是转录本的结构图，可以用SVG编辑器对图片进行美化
image.png
