自安帝即位以来，内外乖离，石头城以南荆、江二州皆为桓氏所据，以西为豫州乃司马尚之所专，京口及江北皆刘牢之及广陵相高雅之所制，朝廷令之所行，惟三吴之地而已。及孙恩作乱，八郡皆为恩有，畿内诸县，盗贼处处蜂起，恩党亦有潜伏在建康者，人情危惧。朝廷常虑变生肘腋，于是内外戒严。加司马道子黄钺，元显为领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨孙恩。刘牢之亦上表请讨孙恩，不待朝命，拜表即行。

谢琰兵发义兴，变民乃乌合之众，何当北府精锐一击，谢琰军当场击斩许允之，迎魏隐还郡。转而进击吴兴丘尪，大破之。恰刘牢之军到，二者合兵一处，转斗而前，所向辄克。谢琰留屯乌程，遣司马高素助牢之，进临浙江。朝廷下诏以牢之都督吴地诸军事。　

刘牢之率军渡过钱塘江，直奔会稽杀来，刘牢之命刘裕率数十人侦察敌情。

刘裕率从骑来至一险恶之处，但见右临大江，左近密林，前有山丘，中有一小路，弯弯曲曲，只容一骑而过。刘裕命人小心而行，刚转过土丘，忽听林中有锣鼓声响，涌出一队人马，有千人之众，头裹黄巾，身着黑袍，手持兵刃，鼓噪而上，将刘裕等人围在当中。

刘裕见被围，抽刀在手，与从骑大呼道：“诸君与我奋力杀出。”遂拍马上前，左冲右突，杀死数十人，终于冲出重围，回首一看，竟无一人跟随，他又返身杀回，从骑见之，皆感奋道：“将军不弃我等。”

然恩军愈围愈厚，从骑皆死，刘裕且战且退，一头目手持长刀，劈面一刀，刘裕闪身躲过，却一刀劈在马背，那马吃痛，滋溜一声长鸣，人立而起，刘裕不防，登时被甩落马下，骨碌碌直坠下江岸，幸得江边水浅，只是浸湿了战衣。

那头目持刀呼啸而下，刘裕手无寸铁，只得双手各握一卵石，站起身来，怒目而对，那头目奔至眼前，呼得又是一刀劈来，刘裕一侧身，将左手卵石掷出，那人身形一顿，微一侧头躲过，刘裕跨步上前，左手忽得握住刀杆，那人大惊，忙往回抽，刘裕右手挥出，卵石正中那人太阳穴，那人啊得大叫一声，满脸是血，瘫倒在地，刘裕夺过长刀，兜头一刀，将那人劈为两截。

此时江岸上又有数十人冲下，堪堪仅有百步之遥，刘裕将刀插于地，将湿衣撕开，投掷于地，光着上身，拔出长刀，大喝一身，迎着恩军冲了上去，他左右开弓，登时砍翻数人，又向岸上冲去，奋长刀仰斫数人，乃得登岸。

恩军见他长刀舞动，神勇无敌，又见其双肩之上纹了两条青龙，也随之起舞，栩栩如生，以为有神灵护佑，吓得转身而逃，刘裕一时杀得性起，在后舞长刀紧追。

刘牢之子刘敬宣一向与刘裕相善，怪刘裕久不返，引兵寻之，到达此处，见刘裕以一人独驱千人，于左右咸共叹息道：“德舆真神人也。”遂挥兵共击之，大破恩军，斩获千余人。

刘敬宣见到刘裕，拱手道：“兄以一人驱千人，项王所不及也。”

刘裕见刘敬宣来，长出一口气，立时坐于地上，喘息道：“弟若不来，兄今死矣。”

当初，孙泰见刘裕，将神异之事相告，刘裕将信将疑，心有所动，终于忍不住在肩上纹了两条青龙，今日竟然因此活命。

初始，孙恩闻八郡响应，谓其左右道：“天下无复事矣，当与诸君朝服至建康。”既而闻刘牢之临江，道：“我割浙江以东，不失作句践！”及至牢之引兵渡江，孙恩闻之，道：“孤不羞走。”遂驱男女二十余万口向东逃走，慌乱之中，多弃宝物、子女于道，官军竞相取之，孙恩由是得脱，复逃入海岛。

谢琰司马高素破恩党于山阴，斩孙恩所署吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尪、余姚令沈穆夫（沈林子、沈田子等兄弟之父）等人，三吴遂复。

东土遭乱，百姓企望官军之至，既而牢之等纵军士暴掠，士民失望，郡县城中无复人迹，月余乃稍有还者。朝廷忧孙恩复至，以谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率徐州文武戍守海滨。

谢琰以资望之重，镇守会稽，防备孙恩，觉己志不伸，故政多倦怠，既不抚绥地方，又不为武备。其左右诸将咸劝道：“贼近在海浦，探我形色，都督宜开其自新之路，乱可敉平。否则应严守海防，阻其入寇，祸乱三吴。”

谢琰因谢邈之死，恨恩入骨，故不从，道：“苻坚率百万之众，尚送死淮南。孙恩小贼，败逃入海，何能复出！若其果出，是天欲杀之也。所有道众，有死无赦。”闻者无不惊骇，谓之乃取死之道也。

未几孙恩入寇浃口（今浙江宁波镇海），入余姚，破上虞。进至邢浦（绍兴北），谢琰遣参军刘宣之击破之，孙恩退走。不日，孙恩复寇邢浦，官军失利，孙恩乘胜直进。

值其时也，群贼锐进，人情震骇，广武将军桓宝道：“贼众势大，宜持重严备，且列水军于南湖，分兵设伏以待之。”谢琰不听，道：“区区毛贼，看我一鼓破之”。

隆安三年（公元399年）五月三十日，贼兵既至，军尚未食，谢琰道：“当先灭此寇而后食也。”跨马而出，令桓宝为前锋，摧锋陷阵，杀贼甚多。

孙恩军一路败退，谢琰尾随而来，不知不觉走入水塘湖泽之中，而塘路狭窄，仅容一人通过，谢琰军鱼贯而前。忽听一阵梆子声响，水塘芦苇丛中驶出无数小船，恩军于船中射之，箭如飞蝗，官军大乱，前后断绝。

谢琰率兵退至一处亭子，一看亭上牌匾，大书三字“千秋亭”，恰是乃父手书，不觉大惊，暗道：“难道我今日丧命于此？”赶紧拨马寻路而走，忽觉脑后风声，急忙低头避过，马臀却被砍了一刀，那马吃痛，昂立一声，将谢琰甩下马来，一人奔来，又要举刀砍下，谢琰认得此人却是帐下都督张猛，怒喝道：“张猛，我平日待你不薄，今日因何害我？”

张猛嘿嘿冷笑了几声，道：“都督，实不相瞒，我家世奉天师，都督虽待我亲厚，然我不可叛教，都督又不肯赦免，故出此下策，报效教主。”

谢琰长叹一声，闭目等死。张猛一刀砍下，将谢琰杀死。军中尚有不少道徒，俱一起反叛，将谢琰二子谢肇、谢峻同时杀死，投奔孙恩。桓宝亦力竭战死。

至十一年后，晋安帝义熙六年（公元410年）十二月二十六日，刘裕征孙恩余党卢循，获得左里（今鄱阳湖口）大捷，此役生擒张猛，刘裕将其解送至谢琰少子谢混处，谢混生剖其肝而食之，终为父兄报仇。朝廷诏以谢琰父子陨于君亲，忠孝萃于一门，追赠谢琰侍中、司空，谥曰忠肃。谢琰之后，谢氏一门再无将才。