在《风之谷》的世界观中，曾经人们有着很繁荣的文明，但是在经历过巨神兵烧光整个世界的“火之七日”之后，地球上形成了一片叫做腐海的地方。腐海是由有毒的植物及其释放的气体，还有许多巨型昆虫组成的。且腐海的面积在不断扩大，人类可生存的空间越来越小。
在故事的开头，提到过一个传说，一个人身穿蓝色长衣，飘然降临在金色的草原上，带人们走湛蓝清静的地方。那个人会让人们生活的更美好。但传说毕竟只是传说，还没有人真正了解腐海的秘密，更没有人知道如何解除困境。
女主角娜乌西卡是风之谷的公主。风之谷是一个美丽的国家，但是它却有被腐海吞没的危险。她是一个很善良的人，深受风之谷人民的喜欢。她小时候起就表现出了对各种生命的喜爱。娜乌西卡从来不的去伤害任何东西，就算是腐海中的巨型昆虫也是如此。
娜乌西卡为了解开腐海的秘密，一直在进行着对腐海中植物的研究，她发现腐海植物如果生活在干净的环境下，也是没有任何毒性的。现在地球也存在被污染的现象，说不定以后也会出现现类似腐海的东西，我们现在赖以生存的这片土地也有可能会变得致命。所以保护环境其实就是为了能有一个更好的生存空间。
从古至今，有许多人和娜乌西卡一样，想要解开腐海的秘密，其中有些人想出的方法就是烧毁腐海，看似能根本性的解决一切问题，实际上什么也解决不了。烧毁腐海只会引起虫群的愤怒，它们会不顾一切的向前，直到精疲力竭，所到之处皆为废墟。
但多鲁美奇亚的人们一点不在乎，还想要用远古时代的巨神兵来烧光腐海。环境因为人类的污染，已经出现了问题。它通过创造腐海这片不毛之地来警告还在破坏它的人们，它需要时间来慢慢的化解污染。
腐海和人类是并存的，因为腐海也是环境的一部分，是无法被毁灭的。和自然的力量相比，人类显得相当渺小。多鲁美奇亚是无知的，他们不知道通过破坏的方式来解决问题，只会让问题变得更糟。虽然动漫中没有这么安排剧情，但是如果巨神兵完成复活，人类岂不是处于一个更加危险的处境了？巨神兵的力量肯定是人类无法掌控的，要是巨神兵没有因为还没完全发育好而融化掉，可能又要再一次上演“火之七日”时的可怕情况了。
多鲁美奇亚人为了利用巨神兵的力量，在本和平安定的风之谷展开了他们的计划。并且把娜乌西卡作为人质，带回培吉特，但途中遭遇了培吉特的空袭，飞机坠毁。娜乌西卡在救培吉特少年阿斯贝鲁时意外掉进了腐海底下，发现了腐海的秘密。腐海的树木在净化被人类污染的土地。而虫群则是在保护腐海不被伤害。自然在帮人类弥补犯下的过错，而人类却毫不知情。
不能因为腐海会给人类带来伤害就认为腐海得被毁灭。要是没有腐海，人类肯能已经因为污染过度灭亡了。有时候看东西只看表面是远远不够的，因该去了解的更深入。更不能在还没开始了解的时候就怀着恶意。
娜乌西卡有一种神奇的本领，她可以和虫子们和平相处。因为她心地善良，并不想伤害虫子，也不把虫子当作敌人。在她面对可能伤害她的昆虫时，她会使用虫笛和闪光弹让虫子冷静下来，再像安慰小孩子那样安慰它们。虫子也是很敏感的，能感受的到从娜乌西卡生上散发出来的善意。
人虫和平共处在其他人看来几乎是不肯能的。在许多人眼中，虫子就是敌人，有是害的东西。但如果不去伤害它们，虫子为什么要伤害别人？因为人们作了让虫群愤怒的事才会遭到攻击。
在结局时，娜乌西卡抱着牺牲自己，以解救其他人的决心，走向了王虫群。她用自己善良感化了王虫群，让王虫群敞开心扉，原谅了人类的过错。王虫群将娜乌西卡用金色的触须抬起来，帮她治疗伤口。
娜乌西卡身穿蓝色的长衣，飘然降临在金色（触须）的大草原上，带人们走向湛蓝清静的地方，实现了人虫的和平。就如古老传说中的一样。
