准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件
samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax
结果解释
从第一行至第十一行分别表示：
QC pass的reads的数量为2499971，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；
重复reads的数量，QC pass和failed
比对到参考基因组上的reads数量；
paired reads数据数量；
read1的数量；
read2 的数量；
正确地匹配到参考序列的reads数量；
一对reads都比对到了参考序列上的数量，但是并不一定比对到同一条染色体上；
一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量；
一对reads比对到不同染色体的数量；
一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。
