conda安装本地blast出现错误

因为要使用本地blast

我从conda安装,命令如下:

conda install -c bioconda blast

##安装过程如下:

Collecting package metadata (current_repodata.json): done

Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <==

  current version: 4.8.4

  latest version: 4.11.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda

## Package Plan ##

  environment location: /home/lzh/anaconda2/envs/Site-seq

  added / updated specs:

    - blast

The following packages will be downloaded:

    package                    |            build

    ---------------------------|-----------------

    ca-certificates-2021.10.8  |      ha878542_0        139 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

    openssl-1.1.1l            |      h7f98852_0        2.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

    ------------------------------------------------------------

                                          Total:        2.3 MB

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  ca-certificates                              conda-forge --> anaconda/cloud/conda-forge

  openssl                                      conda-forge --> anaconda/cloud/conda-forge

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages

openssl-1.1.1l      | 2.1 MB    | ################################################################## | 100%

ca-certificates-2021 | 139 KB    | ################################################################## | 100%

Preparing transaction: done

Verifying transaction: done

Executing transaction: done

这里可以看到openssl已经安装了。到这里,大家都会默认软件安装已经完成,能正常运行了。但是,在运行建库步骤的时候,提示有问题:

makeblastdb -in VEGFA.fa -dbtype nucl -out VEGFA20220214

makeblastdb: error while loading shared libraries: libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

##到这里,我就去百度了。这里我还不知道是要装openssl。我看了下啊,有说要装openssl 1.0.0。我没注意到上面已经装过了。我去查了下,openssl已经到更高版本了。再去查,这里openssl已经有了。那么需要做的就时进行链接。添加到库里。

我去 .bashrc添加。这也是看的网页哈。首先cd到根目录,自己的哈。我没有root权限。然后修改添加。然后source即可。

cd

vi .bashrc

#add

export LD_LIBRARY_PATH=/home/lzh/anaconda2/lib:$LD_LIBRARY_PATH

source .bashrc

到这里再运行 makeblastdb还是报错误。根本原因在与路径下libssl.so的版本的是1.1不是这里的1.0.0。

那么咋弄。复制粘贴

cp libssl.so.1.1 libssl.so.1.0.0

然后运行,就不是再是这个错误了。是下一个错误:

makeblastdb -in VEGFA.fa -dbtype nucl -out VEGFA20220214

makeblastdb: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

如是,我去库里看还是版本的问题。复制粘贴下

cp libcrypto.so.1.1 libcrypto.so.1.0.0

再次运行,问题解决。

makeblastdb -in VEGFA.fa -dbtype nucl -out BlastDB/VEGFA20220214

Building a new DB, current time: 02/14/2022 13:52:17

New DB name:  /data/ZhL/seq/results0121/BlastDB/VEGFA20220214

New DB title:  VEGFA.fa

Sequence type: Nucleotide

Keep MBits: T

Maximum file size: 1000000000B

Adding sequences from FASTA; added 11613 sequences in 0.195394 seconds.

##这里需要看依赖用到了ldd.

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