背景及原理
BSA（Bulk Segregation Analysis）最早是由Michelmore等人（Michelmore et al., 1991）提出，该实验室起初是为了鉴定F2群体中和Dm5/8（生菜霜霉病抗性位点）连锁的分子标记。该实验通过对极端表型分组（每组内20个左右单株形成混池），然后基于分子标记（AFLP，RAPD，SCAR，SSR等）观察混池中的条带多态性情况，从而锁定与目标位点连锁的分子标记。
BSA的基本原理：如果某个标记在同一个分组内所有混池中的条带有差异，且两极端性状分组混池的条带一致，则说明该标记和目标序列区段不连锁；如果一个混池中条带无差异，且在两极端混池条带呈现多态性，则说明该标记和目标序列区段连锁。即在两个混池之间，与目标性状相关的等位基因以及与其连锁的等位基因频率存在差异，而其他等位基因的频率大致相同。因此，BSA单次也只能研究1个目标性状，考虑到遗传背景较复杂，可能导致定位结果不理想，所以不太推荐使用自然群体进行BSA研究。
分析流程
BSA的分析流程一般包括以下几步：
1、选择合适亲本，构建遗传群体；
2、调查表型，选取极端表型的个体构建亲本及极端混池；
3、对极端混池及亲本进行高通量测序，选择合适的算法进行数据分析；
4、结合物种的参考基因组序列，对定位区间基因做功能注释，做进一步的分析。
！！！好的开头可以事半功倍，BSA分析的关键就是前期群体构建、表型选择测定及测序数据的完整性。
发展史
时间轴主要参考2022年发表的关于BSA的万字综述（Xu et al., 2022），并对后续时间线做了些许补充。
相关工具及工具包含算法
该图也是在Li & Xu发表的综述（Xu et al., 2022）的基础上做了后续时间点的一点补充。主要说明了不同群体一般适用的算法，以及已发表的工具所包含的算法种类。后续推文中会详细介绍一些常见软件的下载安装使用，这里不再赘述。
适用群体
BSA定位性状适用的群体包括遗传分离群体、自然群体、多家系群体等。
遗传分离群体包括F1、F2或F2:3衍生群体、回交BC（back crossing）群体、重组自交系RIL（recombined inbred lines）群体、近等基因系NIL（near isogenic lines）群体、双单倍体DH（doubled haploid）群体以及多亲本的NAM群体，MAGIC（Multiparent Advanced Generation Intercross）群体，ROAM（Random-Open-Parent Association Mapping）群体等。另外，还包括一些次级分离群体，比如染色体片段代换系（Chromosome Segment Substitution Lines，CSSL），剩余杂合系（Residual Heterozygous Line，RHL）等等。理论上只要是一个双亲的分离群体，均可以进行BSA分析。
Pool-GWAS适合于多家系的材料；XP-GWAS适用于自然群体，依据感兴趣的表型进行极端混池的构建，与遗传分离群体类似。
常见遗传分离群体构建
暂时性分离群体：如F1、F2、BC1等，这类群体可以在短期内构建，其分离单位是个体，不稳定，一经自交或近交其遗传组成就会发生变化，无法永久使用。
永久性分离群体：如RIL、DH群体等，这类群体构建费时费力，其分离单位是株系，不同株系之间存在基因型的差异，而株系内个体间的基因型是相同且纯合的，是自交不分离的。这类群体可通过自交或近交繁殖后代，而不会改变群体的遗传组成，可以永久使用。
参考文献
Michelmore RW, Paran I, Kesseli RV. Identification of markers linked to disease-resistance genes by bulked segregant analysis: a rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations. Proc Natl Acad Sci U S A. 1991 Nov 1;88(21):9828-32. doi: 10.1073/pnas.88.21.9828. PMID: 1682921; PMCID: PMC52814.
Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement. Plant Biotechnol J. 2016 Oct;14(10):1941-55. doi: 10.1111/pbi.12559. Epub 2016 Apr 28. PMID: 26990124; PMCID: PMC5043468.
Li Z, Xu Y. Bulk segregation analysis in the NGS era: a review of its teenage years. Plant J. 2022 Mar;109(6):1355-1374. doi: 10.1111/tpj.15646. Epub 2022 Feb 14. PMID: 34931728.
