汪淼被4名陌生人拜访，其中一个是史强队长，一名警员，两名军人，邀请他参加一个科学会议，科学会议的主持者由常思伟将军牵头，参加会议的还有美国情报人员两人，北约组织人员两人，还有一些著名的科学家若干名，还有汪淼和史强队长都参加了这次会议。

在常思伟将军带头的讨论中，所有人都一致认为最近科学家的离奇死亡与科学边界有关。

其中有一个死亡名单，最后一个人叫杨冬（非常年轻漂亮的美女）科学家，她的死让汪淼十分震惊。

随后汪淼被史队的激将法降服，同意常思伟将军的请求去了解科学边界组织。

汪淼（他是全书的男一号，主角，纳米科学实验组带头人。）去找杨冬的丈夫丁仪伟教授，丁仪伟教授通过打台球演示了物理科学的一个怪现象，台球在时间和空间上失去了一般的自然规律。（引申到大型粒子对撞机的失真现象。）

汪淼回到家以后觉得很烦，在拍照时突然发现照片上有倒计时数字，随后慌乱不知所措，又发现自己无论睁眼还是闭眼那串倒计时数字都如影随形挥之不去。

此时他想到了丁仪伟，但是一想他现在自己都陷入了精神危机之中无法自拔，又怎么顾得了他呢，接着他才想到科学边界的申玉菲，他找到了申玉菲，申玉菲没有什么废话的对他说：把纳米实验停下来。

汪淼听到后没有办法然后转身离开了，正在他离开的时候，他见到了潘韩（科学边界的重要人物，一个环保狂人）他警告孙玉菲，让她的丈夫停止对三体科学的研究，孙玉菲没有让汪淼看下去就叫出租车把他带走了。

汪淼回到家后又找了医生，但是医生也是束手无策，这时汪淼心里已经明白，随后他到实验室告诉研究人员把纳米实验停下来，那个隐形的倒计时数字方才停止消失。

汪淼回到了家，孙玉菲在谈话之前曾告诉他一个网址，让他上网玩一下那个三体游戏。

他开始打开了网址玩起了三体游戏，那是一个三维立体游戏，总的来说就是以时间为尺度，演进各种文明的消亡与重生。

在游戏里一年可能是几分钟，分为乱纪元和恒纪元，乱纪元表示很短的文明，比如青铜时代就属于乱纪元，率先出场的是纣王，周文王，周文王的跟随者，伏羲。

因为伏羲的钟摆效应没有骗过上帝，最终他被纣王下令用鼎给煮了。

然后周文王说用他推算出来的阴历来预测未来，刚开始很准，纣王很高兴并欢呼道：浸泡浸泡，然后就见那些士兵纷纷跑到了干仓。（储存干尸的地方，每个人可以通过脱水的方式存在，脱水以后如同一张纸似的轻薄，然后再把这一张又一张的干尸纸放在干仓里存放），等待温暖季节的到来随后浸泡到水里复活成人。

这样一直浸泡了8天，正在他们高兴时太阳便再也没有升起来，转眼两天过去了，寒冷的温度像是黑暗里的魔掌把没有脱水的人冻成了粉末。

后来出现了三颗飞星，这意味着太阳在很长的时间里都不会升起了，最终周文王也被煮了，在煮的时候他看见了鼎里的伏羲对他的嘲笑。

这一次黑暗持续了48年，标志着第137号文明在严寒中灭亡，汪淼随后退出了游戏。

按照丁仪伟的介绍，汪淼找到了杨冬的母亲叶文洁（三体里的女一号），到了她家后又参观了她的女儿杨冬的房间，那个房间很朴素，但却让他感到无比的压抑与寒冷。

（作者把这位母亲描写得很有人情味儿，但是如果真正了解她以后大都会感到恐惧和可怕，这是作者的厉害之处，他把史队长描写得像地痞一样，却把这个三体的统帅写得无比的善良美好，我觉得这才是真正的人，证明了世上没有绝对的坏人，同时也没有绝对的好人。）

宇宙闪烁，汪淼驱车拜访了叶文洁的学生沙瑞山，（来到了北京天文观测站，希望了解宇宙的背景辐射）沙瑞山向他介绍了宇宙背景辐射的大概情况，并说就算地球毁灭的那一天，这种辐射情况也不会发生变化，结果这一次又让他见证了反科学的一面，宇宙中的微波辐射忽然突破警戒值，由原来的几乎是一条直线，现在却像心电图一样波动，沙瑞山以为是设备出了问题，但是在电话中询问其他驻地的观测站时，结果没有任何不一同。

此时汪淼心里什么都明白了，这是科学边界在私下里捣的鬼。

疯狂年代，“文化大革命”的回忆

叶文洁的父亲叶哲泰（基础物理学家），爆死在4个红卫兵的批斗中，叶文洁的母亲绍林和她的妹妹全部参与了这次批斗，这让叶文洁的心里受到了重大的打击，同时也种下了仇恨的种子。

叶文杰的母亲背叛了他的丈夫，叶文杰的妹妹变成了批判他父亲的红卫兵。这一段写得很精彩，把人性处在险恶与阴暗时的境地描写得非常深刻和现实。

寂静的春天，叶文洁随后被下放到大兴安岭去伐树了，她的工作是给放倒的大树除去巨大的枝杈，每一次的修剪都会让她想起他父亲倒下的那一刻，那棵树就像是她的父亲，全身伤痕累累。

她放眼望去，看到大兴安岭的树都被砍光了，留下了一座座光秃秃的山和没有鱼的河流，看到了无数的小动物被烧荒后无处藏身，然后。他认识了一位记者叫（白沐霖）并给她看了一本《寂静的春天》，一本关于环境保护的书，与她聊起了自然，聊起了环境保护，叶文杰以为看到了希望，找到了志同道合的人。

然后白沐霖写了一封匿名举报信，但是因为连日劳动记者的手抖得厉害，随后叶文洁帮他誊录了一遍，（不知道是不是故意的，但是后来发生的事证明了他是故意的！）

后来这件事败露了，记者白沐霖把她供了出来，市政治部派来调查组开始审判叶文洁，她的心再一次受到重击。

（此时我只能说这个世界真的没有无缘无故的爱，同时也没有无缘无故的恨）叶文洁随后被一个叫程丽华的领导弄得生不如死，马上就要判刑之际！

叶哲泰的学生杨卫宁和红岸基地的政委雷志成把她救了下来，乘坐一架直升机把她送到了红岸基地，原因是她有一篇《关于太阳辐射内可能存在的能量界面和反射特征》的论文可以帮到红岸基地解决一些棘手的问题，所以雷志成政委把她带到了红岸基地，经过了从怀疑到信任的一波三折之后，叶文洁成了红岸基地的技术骨干。

汪淼回到家再次玩起了三体游戏，此时孔子已成了骷髅，墨子登上了风化得坑坑洼洼的金字塔，并向汪淼介绍他观测太阳的各种工具，他嘲笑孔子把一切都要当成‘礼’，说宇宙万物都必须遵守这个规矩，结果他失败了变成了骷髅，而墨子却用他自己制造的仪器来观测宇宙。

那个观测工具是内外两层的大球，据说可以演化宇宙运行规律，同样开始时很准，到后来一轮巨日升起，所有的人和动物都被烧着了，墨子举着他的万年历也被烧成了炭化人，结果141号文明在烈焰中毁灭。

汪淼又开始听叶文洁讲红岸的故事了，234部分全部是红岸故事，为了实现科学技术突破，国家决定向美苏学习也发射地外信息，并获得最高决策的批示。（这是红岸基地的绝密信息，作者以解密的视角写出来，看着好像很真实，但其实都是虚构的。）

三体游戏183号文明在三日凌空中毁灭，但是这次文明哥白尼成功地揭示了宇宙结构，三体文明产生了第一次飞跃，游戏进入了第2季。