在温（今河南焦作温县西南）之会上，首先处理的就是卫国的事。卫成公让大夫鍼（zhēn）庄子充当自己的代表，让另两个大夫宁武子和士荣担任助手和辩护，跟元咺（xuǎn）争讼，结果也不知道具体过程是怎样的，卫成公败诉了。不过这并不代表《公羊传》的说法就更符合事实，因为以晋文公这时候的势力，他想要说谁有罪那就是谁有罪，卫成公屡次惹他不爽，遭到不公正对待也不是不可能的事。
这一败诉直接导致了士荣被杀，鍼庄子被砍脚，只有宁武子因为被看做是忠臣而幸免于难。我们不知道这是卫成公做的还是晋文公做的，因为《左传·釐公二十八年》中关于这件事的记载没有主语，但不管是谁做的吧，败了诉的卫文公终归要受到制裁——晋文公把他抓起来，关到了周天子的监狱里，只允许宁武子负责照顾他的衣食。元咺则返回卫国，改立公子瑕为卫君。
卫国的事处理完之后，曹国一个名叫侯孺的“竖”，也就是“内廷之小臣”，见没人提曹国复国的事，便收买了晋国的筮（shì）史，让他跟晋文公说说这件事。这时候晋文公正好生病，需要筮史禳（ráng）除，可见侯孺之所以收买筮史是经过考虑的，而这个筮史胆子也挺大，竟然敢对晋文公说让曹国复国他的病就会好。
让曹国复国晋文公的病就会好，这当然是胡说八道，但这个筮史接着说的话却很有些水平，他说：“曹国和晋国都是姬姓，当年齐桓公迁邢存卫、会盟诸侯是为了封异姓，可现在您会盟诸侯却是为了灭同姓。会盟诸侯而灭兄弟之国，叫做非礼；承诺了让曹国复国却不兑现，叫做非信；曹国和卫国有同样的罪行却得到不同的后果，叫做非刑。有这三个‘非’，您说该怎么办呢？”不知道晋文公是相信了他的胡说八道，还是被他上面的这段话说服，同意了释放曹共公，让曹国也复了国。
曹国和卫国的事看上去已经尘埃落定了，但其实晋文公并没放下。两年后的周襄王二十二年（晋文公七年，鲁釐公三十年，前630年），也不知道仍然关在“天牢”里的卫成公碍他什么事了，他派了一个叫衍的医生去下毒，想要害死卫成公，幸亏负责卫成公衣食的宁武子很警觉，收买了衍，让他减少了毒药的分量，卫成公才躲过一劫。
杀卫成公没杀成，第二年（周襄王二十三年，晋文公八年，鲁釐公三十一年，前629年）晋文公又打上了曹国的主意，逼迫曹共公割让济水以西的土地给他用来赏赐诸侯。曹共公这回可没犯什么错，但是又不敢得罪他，只好听命。这可真是人在家中坐，祸从天上来，晋文公这个霸主真够“霸”的。
不难想象，跟卫国和曹国一样不曾礼遇流亡中的晋文公、后来又背晋助楚的郑国，也逃不过晋文公的报复，就算郑国在晋楚城濮之战以后也归附了晋国也没有什么用。
事实也正是如此。在谋杀卫成公的前一年，周襄王二十一年（晋文公六年，鲁釐公二十九年，前631年），晋国就曾召集诸侯在翟（dí）泉（今河南洛阳孟津县东南）会盟，商量讨伐郑国的事，但不知为什么没采取具体行动。到了第二年，也就是谋杀卫成公的那一年，晋国才终于出手，联合秦国包围了郑国，要求郑文公把大夫叔詹交出来。
当年叔詹曾建议郑文公礼遇流亡的晋文公，被拒绝后又建议杀掉他以绝后患，所以这时候晋文公才把矛头指向了叔詹。但这其实不过是个幌子。我们已经能看出来，就算叔詹死了，以晋文公的为人，他也不会善罢甘休。
《史记·郑世家》正是持有这种看法，它说：叔詹为了保全国家，毅然杀身取义，可是当郑国人把叔詹的尸体送给晋文公的时候，晋文公却不肯退兵，改口说：“我一定要见到你们的国君，当面羞辱他一顿才行。”叔詹算是白死了。
《国语·晋语》有不同的说法，它说：叔詹并没自杀，而是只身前往晋营面见晋文公，做了一番表明自己明智忠君的演讲，然后走到烹他的鼎跟前，抓着鼎耳对周围的人大喊：“从今以后，人们该知道忠君的人都是我这个下场了吧！”这简直就是在鼓动晋国的大夫们以后不要忠君。晋文公哪还敢杀他？只好“厚为之礼而归之”。
我们不知道《史记》和《国语》哪一个说得对，我们只知道不管叔詹死没死，秦晋两国都没有退军。这时有人建议让烛之武去说服秦穆公。烛之武“夜缒（zhuì）而出”，见到秦穆公，说：“秦国和晋国围攻郑国，郑国知道马上就要灭亡了。如果灭掉郑国对秦国有好处，我不敢来说这些话，可是隔着好几个国家去治理远方的领土，您也知道这有多难，干嘛要灭掉郑国而给邻近的晋国带来好处呢？晋国的国力雄厚了，秦国的国力就会相对削弱。如果放弃灭郑的打算，让郑国成为秦国在东方道路上的‘东道主’，那么秦国使者路过的时候，郑国就可以随时供给他们所缺乏的东西，对秦国来说也没有什么害处。而且之前在晋惠公的时候，您曾经对他有恩，他也答应把焦、瑕二邑割让给秦国，可是他早上渡河归晋，晚上就筑城拒秦，这您是知道的。晋国哪有满足的时候呢？它如果在东面得到了郑国的领土，一定又会想扩张西面的领土。如果不侵损秦国，晋国从哪里取得它所企望的西方土地呢？所以说灭郑是一件使秦国受损而使晋国受益的事情，请您好好考虑考虑。”
烛之武这番话完全是站在秦国的立场替秦国考虑的，不由得秦穆公不赞许，于是他“与郑人盟”，并派杞（qǐ）子、逄（páng）孙和杨孙协助郑国防守，然后不管晋国撤不撤军，自己先率军回国了。
秦军这一撤围戍郑，弄得晋军打也不是不打也不是，处境变得有些尴尬了。幸亏郑国终归还是害怕晋国，抓住秦国退兵的机会派人来跟晋文公求和，晋文公才找到台阶下。他跟郑国约定，把之前流亡到晋国的郑国公子兰立为郑国世子，总算是体面的撤了军。
第二年（周襄王二十三年，晋文公八年，鲁釐公三十一年，前629年），也就是抢了曹国土地赏赐给诸侯的那一年，以抵御狄人入侵为由，晋文公增设新上军和新下军，加上原来的三军六卿合计五军十卿，从此晋国成为春秋诸国中军队规模最大的国家。这要感谢晋惠公时候吕省“作州兵”，取消了“野人”不能当兵的限制，才使他能够获得这么充足的兵源。
又过了一年，周襄王二十四年（晋文公九年，鲁釐公三十二年，前628年）春，楚国派斗章到晋国讲和，晋楚之间第一次建立起外交关系，暂时结束了敌对状态。然后，到了这一年的冬天，春秋时代的第二位霸主晋文公与世长辞，结束了短短九年的国君生涯。
晋文公一生的大部分时间都处在颠沛流离的流亡之中，但是身边却能聚集像狐偃、赵衰（cuī）、先轸（zhěn）、魏武子、胥臣等等这样一大批贤能之士，说明他很有一些过人之处。他即位之后，在短时间内就迅速扭转了晋惠公时期所造成的颓势，纳襄王于王城，败强楚于城濮，为践土之盟，召天子，服诸侯，算得上是一个响当当的人物。但这个人做事有些不择手段，心胸也不够开阔，跟春秋首霸齐桓公比起来，显得有些假仁假义、阴森狡诈。《论语·宪问》批评他“谲而不正”，也就是诡诈而不正派的意思，应该不算冤枉他。
