👢[linux]awk按照某列分组求另一列均值

我这里先抛出问题,我手上有套数据:包含三列,第一列ensgid、第二列symbol,第三列fpkm值。


数据

问了老师,老师说相同的ensg对应的fpkm值,求均值。
所以针对上方数据要实现的是:根据第一列的ensgid分组,求fpkm的均值

解决代码

cat SRR192333_fpkm.txt |awk '{s[$1]+=$3;count[$1]+=1;gene[$1]=$2}END{for(i in s){print i,gene[i],s[i]/count[i]}}'>SRR192333_fpkmmean.txt

解析:

cat 文件名:读取数据
| :管道符,把|前结果输出到|后作为输入
awk:linux上与grep sed并称三神器,详细自查
$1 :指代第一列
$2 :指代第二列
> 输出符号,把前面的好结果,存到>后面的文件里


cat SRR192333_fpkm.txt:读取SRR192333_fpkm.txt文件

awk标准格式: awk{运算}END{结果输出}

  • awk '{s[$1]+=$3;count[$1]+=1;gene[$1]=$2}END{for(i in s){print i,gene[i],s[i]/count[i]}}'
  • s[$1]+=$3 相同ensg求和
  • count[$1]+=1相同ensg计数
  • gene[$1]=$2保存ensg的symbol
  • for(i in s){print i,gene[i],s[i]/count[i]}循环输出每个ensg的id,对应的symbol,以及均值
  • >SRR192333_fpkmmean.txt将print的结果存进SRR192333_fpkmmean.txt里。
    结果

看看正确性,我输出和还有计数(第3,4列):看他们的商确实和上方结果一直


结果验证

注:该代码简单修改后也可以用作计数,求和等

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