从NCBI下载的sra数据需要解压成fastq文件才能继续后面的分析,我一直用fastq-dump软件。但是最近解压双端数据出现了报错:unrecognized option: '--split-3'。
解压单端数据:
fastq-dump Col.sra
解压双端数据:
fastq-dump --split-3 Col.sra
代码很简单应该没错啊,找了很久的原因,最后发现是我装的默认版本fastq-dump v2.10.0有问题,再安装一个老版本fastq-dump v2.9.0就好了。
/software/sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 Col.sra