注意事项(引自生信星球)
(1)R的赋值符号不是等号,而是<-
(2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行
(3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。
(4)显示工作路径 getwd()
设置工作路径 setwd("C:/Users/kingjie/Desktop/Rdata")
(5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。
(6)表格在R语言中改名叫数据框_
(7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命令查看帮助:?read.table,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。
基本知识之向量
1 多个元素(数字或字符串)组成的变量
2 可以对其进行赋值(数值,字符串/数据框),多次赋值会被覆盖
x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。 x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数 x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数(注意这里是逗号不是分号) x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
从向量中提取元素(位置,大小)
基本知识之数据框
1 读取本地数据
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)
读取文件,分隔符为Tab,有表头
read.csv
2 设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt')
#在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X)
#查看列名
rownames(X)
#查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"
#有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)
#最后row.names的意思是修改第一列为行名
3 数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号)
4 变量的保存与重新加载
save.image(file="bioinfoplanet.RData")
#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")
#保存其中一个变量
load("frame1.RData")
#再次使用RData时的加载命令
保存的格式是RData。
5 提取元素
- X[x,y]
#第x行第y列
- X[x,]
#第x行
- X[,y]
#第y列(横着写,这是不够懒也不够优秀却能存在的写法)
- X[y]
#第y列(竖着写,这是懒惰又优秀的写法)
- X[a:b]
#第a列到第b列
- X[c(a,b)]
#第a列和第b列
- X$列名
#也可以提取列(优秀写法,而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)
优秀方法
1attach(c)
plot(case,values)
2with(c,{+ plot(case,values)x<<-summary(values)})
#求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量,y也就是出了with循环仍有效。
x
#运行完后打印x