第4章 numpy基础:数组和矢量计算
使用numpy计算比纯python计算快10到100倍(甚至更快),并且使用内存更少。
NumPy的ndarray:一种多维数组对象
numpy的N维数组对象(ndarray),该对象是一个快速而灵活的大数据集容器。
import numpy as np
data=np.random.randn(2,3)
data
array([[ 0.00668162, 0.45723418, 0.0438548 ],
[-2.23335801, -0.39107094, -0.25007822]])
data*10
array([[ 0.06681624, 4.57234183, 0.43854801],
[-22.33358006, -3.91070938, -2.5007822 ]])
data+data
array([[ 0.01336325, 0.91446837, 0.0877096 ],
[-4.46671601, -0.78214188, -0.50015644]])
每个ndarray都有一个shape(一个表示各维度大小的元组)和一个dtype(一个用于说明数组数据类型的对象)
data.shape
(2, 3)
data.dtype
dtype('float64')
创建ndarray
使用array函数,接受将一切序列型的对象(包括其他数组),然后产生一个新的含有传入数据的numpy数组。同时可以把嵌套序列转为一个多维数组。
data1=[1,2,3,4,9.4]
arr1=np.array(data1)
arr1
array([1. , 2. , 3. , 4. , 9.4])
data2=[[1,2,3],[4.5,4,5]]
arr2=np.array(data2)
arr2
array([[1. , 2. , 3. ],
[4.5, 4. , 5. ]])
除非特别说明,np.array会尝试为新建的这个数组推断出一个较为合适的数据类型。数据类型保存在一个特殊的dtype对象中。
numpy还可以建立一些特殊数组,例如:ones(全1)、zeros(全0)。empty可以创建一个没有具体值的数组。
np.zeros(10)
array([0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.])
np.ones((2,3))
array([[1., 1., 1.],
[1., 1., 1.]])
np.empty((2,3,4))
array([[[2.05833592e-312, 2.05833592e-312, 1.29441743e-312,
1.03977794e-312],
[1.06099790e-312, 1.08221785e-312, 1.10343781e-312,
1.20953760e-312],
[1.10343781e-312, 2.12199580e-313, 2.41907520e-312,
1.03977794e-312]],
[[2.33419537e-312, 9.76118064e-313, 2.41907520e-312,
2.05833592e-312],
[8.48798317e-313, 2.05833592e-312, 2.05833592e-312,
8.70018275e-313],
[2.05833592e-312, 2.41907520e-312, 9.80058112e+252,
1.23971686e+224]]])
np.arange(15)
array([ 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14])
一些常见的数组创建函数如下表。一般数据类型在没有特别说明的情况下,都是float64(浮点数)。
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ndarray的数据类型
dtype含有ndarray将一块内存解释为特定数据类型所需的信息。常见的NumPy数据类型有:
可以通过astype方法明确地把一个数组从一个dtype转到另一个dtype。
arr1=np.array([1,2,3],dtype=np.float64)
arr2=np.array([1,2,3],dtype=np.int32)
arr1.dtype
dtype('float64')
arr2.dtype
dtype('int32')
arr3=arr1.astype(np.int32)
arr3.dtype
dtype('int32')
numpy数组的运算
大小相等(shape相同)的数组之间的任何算术运算都会将运算应用到元素级。
会降到对应元素之间的算术运算。
对于标量(非数组,单独数字)与数组的算术运算将标量传播到各个元素。
对于shape相同的数组之间的比较,会产出布尔数组。
arr=np.array([[1.,2.,3.],[4.,5.,6.]])
arr*arr
array([[ 1., 4., 9.],
[16., 25., 36.]])
arr-arr
array([[0., 0., 0.],
[0., 0., 0.]])
arr**2
array([[ 1., 4., 9.],
[16., 25., 36.]])
1/arr
array([[1. , 0.5 , 0.33333333],
[0.25 , 0.2 , 0.16666667]])
arr2=np.array([[2.,3.,4.],[1.,2.,10.]])
arr2>arr1
array([[ True, True, True],
[False, False, True]])
基本的索引和切片
对于一维数组的切片和python列表的功能差不多。
需要注意的是,对于数组的切片的修改,也会直接反应到原数组中,源数组的数据类型也会发生变化。
arr=np.arange(10)
arr
array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9])
arr[1:3]
array([1, 2])
arr[4:6]=13
arr
array([ 0, 1, 2, 3, 13, 13, 6, 7, 8, 9])
arr_sl=arr[3:6]
arr_sl[2]=999
arr
array([ 0, 1, 2, 3, 13, 999, 6, 7, 8, 9])
对于多维数组,进行元素选择的时候,只需要逐层向下传递就行。
在二维数组中,轴0作为行,轴1作为列。(axis=0即为行,axis=1即为列)。
数组或标量值都是可以被赋值为数组中的某部分。
arr3d = np.array([[[1, 2, 3], [4, 5, 6]], [[7, 8, 9], [10, 11, 12]]])
arr3d[0]
array([[1, 2, 3],
[4, 5, 6]])
old_values = arr3d[0].copy()
arr3d[0] = 42
arr3d
array([[[42, 42, 42],
[42, 42, 42]],
[[ 7, 8, 9],
[10, 11, 12]]])
arr3d[0] = old_values
arr3d
array([[[ 1, 2, 3],
[ 4, 5, 6]],
[[ 7, 8, 9],
[10, 11, 12]]])
就切片而言,一维数组切片和python语法差别不大。二维数组的切片,其是按着某个轴方向进行切片的。
切片中的多轴取值如下例:
arr2d=np.array([[1,2,3],[4,5,6],[7,8,9]])
arr2d[:2]
#沿着第一个轴(第0轴)进行切片。
#注意,“只有冒号”表示选取整个轴,因此你可以像下面这样只对高维轴进行切片。
array([[1, 2, 3],
[4, 5, 6]])
布尔型索引
利用true或者false进行选择数据。布尔型数组的长度必须跟被索引的轴长度一致。要选择除"Bob"以外的其他值,既可以使用不等于符号(!=),也可以通过~对条件进行否定。选取这三个名字中的两个需要组合应用多个布尔条件,使用&(和)、|(或)之类的布尔算术运算符。
names = np.array(['Bob', 'Joe', 'Will', 'Bob', 'Will', 'Joe', 'Joe'])
data = np.random.randn(7, 4)
names == 'Bob'
array([ True, False, False, True, False, False, False])
data
array([[ 1.88604910e+00, -1.09239246e+00, 7.36955312e-01,
6.21962781e-01],
[-8.94589801e-01, -7.04479134e-01, 6.15735344e-01,
4.17365984e-01],
[-1.88309621e+00, 1.48204259e+00, -1.05637845e-01,
-1.47304673e+00],
[-3.27432236e-01, 2.47418588e-03, 6.11339801e-01,
-9.02064313e-01],
[-2.30341292e+00, 3.13932432e-01, 1.25433341e+00,
-7.04365322e-02],
[ 1.10938161e+00, 6.42370960e-01, 1.09503863e+00,
-2.70052944e-01],
[ 1.14600475e+00, 1.34853669e+00, 1.38460778e-01,
-2.01624321e-03]])
data[names == 'Bob']
array([[ 1.8860491 , -1.09239246, 0.73695531, 0.62196278],
[-0.32743224, 0.00247419, 0.6113398 , -0.90206431]])
data[names == 'Bob', 2:]
array([[ 0.73695531, 0.62196278],
[ 0.6113398 , -0.90206431]])
names != 'Bob'
array([False, True, True, False, True, True, True])
data[~(names == 'Bob')]
array([[-8.94589801e-01, -7.04479134e-01, 6.15735344e-01,
4.17365984e-01],
[-1.88309621e+00, 1.48204259e+00, -1.05637845e-01,
-1.47304673e+00],
[-2.30341292e+00, 3.13932432e-01, 1.25433341e+00,
-7.04365322e-02],
[ 1.10938161e+00, 6.42370960e-01, 1.09503863e+00,
-2.70052944e-01],
[ 1.14600475e+00, 1.34853669e+00, 1.38460778e-01,
-2.01624321e-03]])
con=names=='Bob'
data[~con]
array([[-8.94589801e-01, -7.04479134e-01, 6.15735344e-01,
4.17365984e-01],
[-1.88309621e+00, 1.48204259e+00, -1.05637845e-01,
-1.47304673e+00],
[-2.30341292e+00, 3.13932432e-01, 1.25433341e+00,
-7.04365322e-02],
[ 1.10938161e+00, 6.42370960e-01, 1.09503863e+00,
-2.70052944e-01],
[ 1.14600475e+00, 1.34853669e+00, 1.38460778e-01,
-2.01624321e-03]])
mask = (names == 'Bob') | (names == 'Will')
mask
array([ True, False, True, True, True, False, False])
data[mask]
array([[ 1.8860491 , -1.09239246, 0.73695531, 0.62196278],
[-1.88309621, 1.48204259, -0.10563785, -1.47304673],
[-0.32743224, 0.00247419, 0.6113398 , -0.90206431],
[-2.30341292, 0.31393243, 1.25433341, -0.07043653]])
data[data < 0] = 0
data
array([[1.8860491 , 0. , 0.73695531, 0.62196278],
[0. , 0. , 0.61573534, 0.41736598],
[0. , 1.48204259, 0. , 0. ],
[0. , 0.00247419, 0.6113398 , 0. ],
[0. , 0.31393243, 1.25433341, 0. ],
[1.10938161, 0.64237096, 1.09503863, 0. ],
[1.14600475, 1.34853669, 0.13846078, 0. ]])
data[names != 'Joe'] = 7
data
array([[7. , 7. , 7. , 7. ],
[0. , 0. , 0.61573534, 0.41736598],
[7. , 7. , 7. , 7. ],
[7. , 7. , 7. , 7. ],
[7. , 7. , 7. , 7. ],
[1.10938161, 0.64237096, 1.09503863, 0. ],
[1.14600475, 1.34853669, 0.13846078, 0. ]])
数组转置和轴对换
数组转置有transpose方法,也有一个特殊T属性.
arr=np.arange(15).reshape((3,5))
arr
array([[ 0, 1, 2, 3, 4],
[ 5, 6, 7, 8, 9],
[10, 11, 12, 13, 14]])
arr.T
array([[ 0, 5, 10],
[ 1, 6, 11],
[ 2, 7, 12],
[ 3, 8, 13],
[ 4, 9, 14]])
np.dot(arr.T,arr)
array([[125, 140, 155, 170, 185],
[140, 158, 176, 194, 212],
[155, 176, 197, 218, 239],
[170, 194, 218, 242, 266],
[185, 212, 239, 266, 293]])
对于高维数组,transpose需要得到一个由轴编号组成的元组才能对这些轴进行转置。
arr.transpose((1,0,2)) 表示第一轴被换成原数组的第二个维度,第二个轴被换成原数组的第一个维度数组,最后一个轴不变。
arr=np.arange(12).reshape((2,2,3))
arr
array([[[ 0, 1, 2],
[ 3, 4, 5]],
[[ 6, 7, 8],
[ 9, 10, 11]]])
arr.transpose((1,0,2))
array([[[ 0, 1, 2],
[ 6, 7, 8]],
[[ 3, 4, 5],
[ 9, 10, 11]]])
通用函数:快速的元素级数组函数
可以同时对数组的整体数据进行函数变换。例如sqrt(平方)和exp(e的指数值);add(求多个数组的和)或maximum(多个数组中元素级别最大的元素)。modf函数,可以分离浮点数数组的小数和整数部分。
还有一些函数如下:
arr = np.random.randn(7) * 5
remainder, whole_part = np.modf(arr)
remainder
array([-0.17048277, -0.85976085, 0.54241456, -0.10808041, 0.4622122 ,
0.89957455, 0.38456908])
whole_part
array([-10., -3., 8., -0., 4., 1., 5.])
利用数组进行数据处理
numpy矢量化数组运算速度要比等价的纯Python方式快上一两个数量级。
p=np.arange(-5,5,0.01)
x,y=np.meshgrid(p,p)#np.meshgrid函数接受两个1维数组,并产生两个二维矩阵(对应于两个数组中所有的(x,y)对)
y
array([[-5. , -5. , -5. , ..., -5. , -5. , -5. ],
[-4.99, -4.99, -4.99, ..., -4.99, -4.99, -4.99],
[-4.98, -4.98, -4.98, ..., -4.98, -4.98, -4.98],
...,
[ 4.97, 4.97, 4.97, ..., 4.97, 4.97, 4.97],
[ 4.98, 4.98, 4.98, ..., 4.98, 4.98, 4.98],
[ 4.99, 4.99, 4.99, ..., 4.99, 4.99, 4.99]])
z=np.sqrt(x**2+y**2)
import matplotlib.pyplot as plt
plt.imshow(z, cmap=plt.cm.gray); plt.colorbar()
plt.title("Image plot of $\sqrt{x^2 + y^2}$ for a grid of values")
Text(0.5,1,'Image plot of $\\sqrt{x^2 + y^2}$ for a grid of values')
plt.imshow(z, cmap=plt.cm.gray); plt.colorbar()
<matplotlib.colorbar.Colorbar at 0x12cf75f8>
将条件逻辑表述为数组运算
np.where函数是三元表达是 x if condition else y的矢量化版本。np.where的第2个和第三个参数不必是数组,它们都可以是标量值。在数据分析工作中,where通常用于根据另一个数组而产生一个新的数组。
xarr = np.array([1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5])
yarr = np.array([2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5])
cond = np.array([True, False, True, True, False])
result = [(x if c else y)
for x, y, c in zip(xarr, yarr, cond)]
result
[1.1, 2.2, 1.3, 1.4, 2.5]
result = np.where(cond, xarr, yarr)
result
array([1.1, 2.2, 1.3, 1.4, 2.5])
数学和统计方法
sum、mean以及标准差std等聚合计算。对于一维数组而言,arr.mean(1)是“计算行的平均值”,arr.sum(0)是“计算每列的和”。arr.cumsum()为arr数组的累加数组。
使用布尔数组进行数据选择。
True表示1,0为False.
排序
和python中的sort方法一样。np.sort返回的是数组是已排序副本。
唯一化以及其它的集合逻辑
通过np.unique方法可以找出数组中的唯一值并返回已排序的结果。
用于数组的文件输入输出
numpy保存的文件是npy文件。np.save(保存数据文件)和np.load(读取数据文件)是读写磁盘数组数据的两个主要函数。
线性代数
x = np.array([[1., 2., 3.], [4., 5., 6.]])
y = np.array([[6., 23.], [-1, 7], [8, 9]])
#x.dot(y)等价于np.dot(x, y)
x.dot(y)
array([[ 28., 64.],
[ 67., 181.]])
np.ones(3)
array([1., 1., 1.])
np.dot(x, np.ones(3))
array([ 6., 15.])
numpy.linalg中有1组标准的矩阵分解运算以及诸如求逆和行列式之类的函数。
伪随机数生成
随机数的生成和随机种子相关,
#随机漫步的计算。