生信-爬虫 | 异步爬取网页表格数据

写在前面

前段时间,师姐让爬取一些LncRNA的一些信息,具体在下面的网站中:
LncBook:https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas
由于这个表格是利用AJAX技术构建的,因此利用传统爬虫获取不到网页的列表信息,且翻页后URL不变,所以异步爬取顺理成章的被利用起来了。我们可以按F12获取一些蛛丝马迹,从而帮助我们直接获取表格信息。

技术实现

  • 以获取LncBook表格信息为例

1、查看AJAX的构成规律

  • 打开网页,按【F12】,在【网络】模块下选择【XHR】,刷新网页。


    第一步

    第二步
  • 点击Incall查看详细信息,其中对我们有用的就是【请求URL】与【表单数据】


    详细信息
  • 此时我们翻页,查看二者的变化


    探索规律

结论

  • 我们采用【URL?page=】的结构就可以访问表格数据了(注意【?】不可省略),举例:
https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas/lncall?page=1
https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas/lncall?page=2
https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas/lncall?page=3
#为了一次获取更多的数据,避免频繁获取被封IP,我们可以修改size的数值,参数间使用【&】连接
https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook/lncrnas/lncall?page=3&size=50
  • 把连接粘贴到浏览器的地址栏中即可访问,如下:
    JSON数据

2、开始爬取

  • 获取到信息之后的事情就简单了,利用传统的静态爬虫技术就可以访问地址并获取数据啦
  • 导入包
import json
import urllib.request,urllib.error
import re
import openpyxl
import time
  • 定义主函数
def main():
    baseurl = "https://bigd.big.ac.cn/lncbook/lncrnas/lncall?page="
    datalist = getData(baseurl)
    savepath = "lncrnas.xlsx"
    saveData(datalist,savepath)
  • 定义获取网页信息的函数,其中稍微涉及一些正则表达式,需要理解一下
def getData(baseurl):
    datalist = []
    for i in range(0,27):
        #time.sleep(1)
        url = baseurl + str(i) + str("&size=10000")  #可以看到这里我设置的是10000,也就是一下获取1w条数据
        html = askURL(url)
        data = re.findall("\"total\":268848,\"transInfo\":(.+?),\"page\"", str(html))
        jsonObj = json.loads(data[0])
        for item in jsonObj:
            items = [item['transid'], item['geneid'], item['chrome'],
                     item['startsite'], item['endsite'], item['strand'], item['length'],
                     item['exonNum'], item['orfLength'], item['gcContent'],item['classification']]
            datalist.append(items)
            #print(items)
        print("第%d页已完成"%(i+1))
    return datalist
  • 定义保存数据的函数
def saveData(datalist,savepath):
    book = openpyxl.Workbook()
    sheet = book.create_sheet(title="lncrnas")
    col= ("Transcript ID","Gene ID","Chrome","Startsite","Endsite","Strand","Length (nt)","Exon Number","ORF Length (nt)","GC Content (%)","Classification")
    for i in range(0,11):
        sheet.cell(row = 1, column = i+1).value = col[i]
    for i in range(0,268848):
        print("第%d条已完成"%(i+1))
        data = datalist[i]
        for j in range(0,11):
            sheet.cell(row = i+1, column = j+1).value = data[j]
    print('正在保存')
    book.save(savepath)
  • 定义访问URL的函数
def askURL(url):
    head = {"User-Agent": "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/89.0.4389.90 Safari/537.36 Edg/89.0.774.57"}
    request = urllib.request.Request(url,headers=head)
    html=""
    try:
        response = urllib.request.urlopen(request)
        html= response.read().decode("utf-8")
        #print(html)
        pass
    except urllib.error.URLError as e:
        if hasattr(e,"code"):
            print(e.code)
        if hasattr(e,"reason"):
            print(e.reason)
            pass
        pass
    return html
  • 调用函数
if __name__ == "__main__":
    main()
    print('爬取结束')
  • 结果展示
爬取结果

写在最后

  • 其实要想将上面的代码化为己用还是挺头痛的,因此如果你有这方面的需求又搞不定上面的代码,我可以【有偿】帮助你。(财迷本迷)


最后编辑于
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