序列整理
BEAUti
BEAST
TreeAnnotator
软件报错
内存不足报错
在运行BEAST时数据集过大，或运行TreeAnnotator 时，会出现提示信息为OutOfMemoryError: Java heap space at sample的报错。这其实JAVA中常见的报错，问题并不在BEAST软件本身，而是JAVA虚拟内存不足造成的。虽然计算机内存可能是16G甚至64G足够软件运行，但JAVA设置中通常限制了虚拟内存的占用量，如128M或256M，所以才会出现虚拟内存不足。
一般情况下TreeAnnotator 出现内存不足频率较高，不过，TreeAnnotator自带Low memory选项。选择该选项时，可以规避因虚拟内存占用过高导致的报错。
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然而，BEAST程序并没有这个功能，因此，一旦BEAST报错，只能调小数据集、调低代数、降低抽样频率，或修改JAVA虚拟内存设置。当然，修改JAVA虚拟内存设置是最理想且一劳永逸的策略。方法是通过修改环境变量来调整JAVA的虚拟内存最大值。环境变量设置在控制面板>编辑系统环境变量>高级>环境变量中进行设置。在该界面中，点击系统变量>新建添加环境变量出现新建对话框：
变量名框内输入“_JAVA_OPTIONS”
变量值框内输入“-Xmx1024M”
这样相当于设置1G的虚拟内存，当然也可以大方一点，比如我设置了“-Xmx10240M”,也就是10个G。
设置系统变量名称及变量值
设置完成后直接确定，系统变量中显示添加了新建的这一项。确定后即生效。
查看新添加的系统变量
一般来讲，在BEAST大数据集并指定多核运算的情况下(如24线程)，设置1G虚拟内存也就够用了。设置完毕后，重新运行，即可正常运转。
参考网页
学习过程中的干货网站：
BEAST分析FAQ | 高芳銮
java虚拟机内存不足报错
