今天早上组会期间由我来作读书报告,报告期间,感觉思维不够活跃,会出现断片空白的现象(虽然我表现的不算明显),但总体来说,不是一个优秀的报告。报告期间,老师针对性地提出了一些疑问:比如说为什么训练集数量这么少,只有75个治病突变;为什么选择新生突变;模型输入的20个feature的值是怎么得到的,数据如何下载;你知道内含子和同义突变的突变模式有什么不同吗;GERP++测量的是位点的进化保守性,这个保守是最保守还是相对保守,最保守就最有害吗;以及这些预测模型都受限于数据,有时候不是数据的overlap,而是这些数据背后潜在的模式/关系存在overlap,因此很多篇文章都在说自己的模型比其他工具好......
这些问题大部分我都没有思考过,少有思考过的问题:比如说选用新生突变是因为让模型不仅仅针对罕见突变,但为什么不选用某一人群的良性突变呢,不也是针对common突变吗?这个问题我想到这里就没有再深入下去了,于是当老师问起的时候,我并不能从善如流地回答。
回顾我在准备报告期间的历程,我是怎么做怎么想的,我发现前这两天自己的低效学习是有原因的,我的阅读多于思考,翻译多于理解,整理多于归纳。如何高效阅读文献,是我继续应该关注的问题和提升的方向;如何吸纳学习的知识,化为己用,融会贯通,而不是边学边忘,零散纷乱,也是我要思考解决的问题。