智能医学影像分析---Optic Disc 数据集

视盘(optic disc):全称视神经盘,有时候也被成为视神经乳头(optic nerve head)。在普通的彩色眼底相机中,一般最亮的区域就是视盘的位置。

视盘是眼睛的一个重要组织,很多疾病都可以直接(亦或间接地)通过视盘来观测。例如,青光眼(glaucoma)病变,医生会计算视杯视盘直径比率(disc-cup-ratio,CDR)来诊断患者是否患有青光眼,正常人的CDR较小。如果CDR较大,一般超过0.7, 就很有可能患有青光眼。此外,年龄相关性黄斑病变(Age-relate Macular degeneration,AMD)一般发生在黄斑(Macular)附近,很多黄斑定位分割算法,首先都是先定位到视盘位置,然后根据视盘与黄斑相距一般为两个视盘的宽度,这一先验知识(piror knowledge)来定位黄斑区域。同时,在冠心病视网膜图像分析中,视盘首先被定位用于后续的视网膜血管口径的测量。因此,视盘的定位和分割对于眼底疾病智能诊断算法是至关重要的。

如果想做基于深度学习的医疗图像算法开发,数据集的获取是关键。但是由于医疗数据集的特殊(主要在于需要维护病人的隐私以及专业的标注需要临床医生来参与完成),我们很难像计算机视觉那样获得良好的公开的数据集。下面,我就给大家介绍几个关于视盘(optic disc)的数据集,大家有这方面的兴趣,可以尝试一波。


ORIGA-650

这批数据集归属于新加坡国家眼科中心,主要包含650张彩色眼底图像,每张图像都有视盘和视杯的分割标注,同时还有是否患有青光眼的诊断标注。拥有这批数据的IMED团队,也是目前国内最大的眼科医疗图像组。 ORIGA-650分为两个子集 set A for training 和 set B for testing 每个子集包含了325张图像。

Messidor

Messidor数据集原本是用来做糖尿病视网膜(diabetic retinopathy, DR)病变检测的,只有糖网的分级标注。后来国外的一个课题组又重新手工标定了视盘的边界,因此目前大家也同样在Messidor数据上做视盘的定位和分割。

RIM-ONE

RIM-ONE一共发布了三个子数据集(RIM-ONE-R1,R2,R3),他们的数量分别是169,455和159张。

DRION-DB

DRION-DB 做的人特别少,但是这批数据集也有111张图像。大家也可以做一下,就当作一种data augmentation了吧。

PS:ISBI2019也有一个challenge,是关于AMD的分类,其中一个sub-task也是optic disc segmentation,

PPS:[帮转] 组织的 REFUGE Challenge in MICCAI 2018 将于 12 月 1 号公布全部的 Ground truth(包含 test set),欢迎大家下载使用(https://refuge.grand-challenge.org)。另外,竞赛的 paper 也已发表在 Medical Image Analysis (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1361841519301100)

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 206,839评论 6 482
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 88,543评论 2 382
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 153,116评论 0 344
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 55,371评论 1 279
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 64,384评论 5 374
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,111评论 1 285
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,416评论 3 400
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,053评论 0 259
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 43,558评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,007评论 2 325
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,117评论 1 334
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,756评论 4 324
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,324评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,315评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,539评论 1 262
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,578评论 2 355
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,877评论 2 345

推荐阅读更多精彩内容