1. linux如何安装软件?
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1--第一步,简单了解conda--“linux的应用商店”
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2--第二步,给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
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3--第三步,安装和配置miniconda
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4--第四步(重点),使用miniconda,也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载(生信需要的)软件,我们以fastqc为例,其实安装软件很复杂,甚至有专门的一门课来讲这个,今天这里仅是入门操作。
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5--第五步(选修),不同的生信实战项目,需要定制conda的分身。
2. 准备工作
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2.1 检查有没有bzip2
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2.2 下载miniconda
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2.3 安装miniconda
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2.4 添加国内镜像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
3. 开始使用conda
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3.1 查看当前所有软件列表 conda list
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3.2 搜索软件 conda search fastqc
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3.3 安装软件 conda install fastqc -y
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3.4 卸载软件 conda remove fastqc -y
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3.5 查看当前conda有哪些环境(conda info --envs)
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3.6 建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y)
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3.7 激活新的conda环境(source activate rna-seq)
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3.8 如何卸载一个环境中的软件
卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
全部卸载,也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all