Gephi在绘制微生物共现网络图的时候一般只能固定使用网络的属性进行染色，每次的OTU节点染色的时候都会随机生成颜色，无法做到多个颜色的统一，这篇文章可以解决固定染色的问题。
这篇文章用的数据是一位师兄的微生物的OTU数据。
我利用的是使用R语言导出的边的数据，具体的操作是在R语言导出 edge.txt/edge.csv 文件之后在Excel中进行的处理，R语言导出微生物共现网络节点的推文请参考其他文章。
我也是菜鸟，如果在后面的具体操作过程中出现问题，我可能也解答不了，如果有比这篇文章说的更好的方法，请告知我，这个方法有一点复杂。
首先需要在Gephi中安装一个插件来完成这个染色过程
点击：[工具]→[插件]→[可用插件]→[搜索color]→[选中Give Colors To Nodes]→[安装]，等待完成即可
完成之后会在界面显示出来，下图倒数第三个图标
1. 处理R语言导出的微生物共现网络的边数据
边数据建议使用csv格式，用Excel表格打开，操作的时候方便一点，这个表格中，第1、2、4列数据是必须数据（分别是源起点、源终点和边权重），第三列数据定义的是共现网络的边是否是有向连接，可有可无。
2. 将边文件导入Gephi
依次点击： [文件]→[导入电子表格]→[****.csv]→[打开]→[下一步]→[完成]→[图的类型：无向的]→[新的工作区]→[确定]
3. 网络图的修饰和分析
请参照其他的文章，我在这里不拾人牙慧了。
这个图我只是为了演示，除了布局和节点大小以及边的颜色处理之外没有进行任何分析。
4. 网络表格的各种标签以及染色的设置
这是今天的重点
依次操作：[数据资料]→[输出表格]→[确定]→打开刚保存的文件
导出的节点文件储存于你选定的位置，自己觉得取用方便即可。
下面我是在Excel中处理的过程
使用Excel的VLOOKUP函数添加标签，可以添加门、属等各种你需要在网络中使用的标签。为了使文章尽可能短一点，VLOOKUP函数的请参照其他的文章，相对比较简单。在这里我只放一个函数。
VLOOKUP函数使用的时候第一个表和第二个表需要有相同的单元格。
下面是添加需要的颜色，你可以给自己要染色的标签进行颜色的添加。这个需要每一个对应的节点都有颜色的值，要是有缺值的话可能会报错。
创建 color /colour列，添加颜色，添加好之后保存。
color和colour列均可作为固定颜色列，取一即可，同样的，列中的#EEEEEE和（225,224,223）并没有固定，取一种即可，#EEEEEE和（225,224,223）分别是颜色的hex和rgb属性。关于hex格式可以参照博客园中的gephi——怎样上传节点表格而且为节点设定颜色类型；rgb格式可以参照OSCHINA RGB颜色参考中的 https://tool.oschina.net/commons?type=3 这篇文章，选择自己喜欢的颜色。
5. 重新导入到Gephi中
还是在数据资料中，点击：[导入电子表格]→[选择刚编辑的文件]→[打开]→[下一步]→[完成]→[图的类型：无向的]→[添加到现在的工作区]→[确定]→如果有报错或者警告，可以先看看是什么警告类型，在微调，如果需要的值都被导进来了，就不需要管了；如果没有导进来，就重新查找原因。
这里面有个小插曲我说一下，#EEEEEE是灰色，跟我之前设定的颜色非常像，为了显示我的成功了，我特意修改了两个点的颜色，就是上图中的红色。因为写好之后再改的话有点麻烦，就希望大家勿怪
祝大家科研顺利！！
