1 什么是circos图
(1)Circos图最外圈一般是染色体的示意图,上面的刻度表示染色体的坐标位置。
内圈是我们所要展示的数据,每一圈都是以最外圈为坐标,展示相应位置发生的突变等信息,常见的展示方式有scatter散点图 、line、histogram直方图、heatmap、links等,例如
(2)Circos图也可以展示基因在样本中共突变(共出现),此时最外圈是基因,中心连线是共突变的基因。
(3)也可用于展示基因家族融合基因频率分布图
(4)除了基因组数据,其它类型数据共出现,共发生等都能用circos图展示,例如
2 如何在线画circos图
多年前念硕士的时候,对perl不熟,就用R画了一些circos图,对于不熟悉代码的小伙伴可以在circos官网在线画图,操作简单,功能基本够用。
网站链接:http://circos.ca/intro/tabular_visualization/
在 ‘设置’ 里给图设置参数,比如标签是否输出、颜色、外圈和内圈是否展现、是否过滤、颜色的透明度等,
(1)选择最外圈的标签(label)是否展示,字体大小,颜色
(2)选择要隐藏不展示的圈和标签、刻度
(3)设置完成后必须点“save”保存。
(4)上传数据作图
(5)数据格式为矩阵形式,页面上有具体格式要求说明,也可以加入其它数值列,用于选择排序或颜色
3 需要注意什么
上传数据文件是txt格式
数值是非负整数
空格或TAB分隔
行(列)名不能有重复的
行(列)名必须是字母开头 (e.g. 'A', 'A0', 'A-0'),只能包含字母或数字或_ 不能有标点符号
行(列)最多为150,超过了会限制为75
如果行(列)太多,会变成这样子,效果不好,<30个最好